Ajuga multiflora chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ178989.1 · 5–78 bp · −
psbA · PQ178989.1 · 406–1,464 bp · −
trnK-UUU · PQ178989.1 · 1,697–4,269 bp · −
matK · PQ178989.1 · 1,969–3,531 bp · −
rps16 · PQ178989.1 · 5,151–6,293 bp · −
trnQ-UUG · PQ178989.1 · 7,064–7,135 bp · −
trnS-GCU · PQ178989.1 · 8,262–8,349 bp · −
atpA · PQ178989.1 · 10,157–11,680 bp · −
atpF · PQ178989.1 · 11,768–13,007 bp · −
atpH · PQ178989.1 · 13,363–13,608 bp · −
atpI · PQ178989.1 · 14,570–15,313 bp · −
rps2 · PQ178989.1 · 15,510–16,220 bp · −
rpoC2 · PQ178989.1 · 16,537–20,595 bp · −
rpoC1 · PQ178989.1 · 20,756–23,610 bp · −
rpoB · PQ178989.1 · 23,637–26,849 bp · −
psbM · PQ178989.1 · 29,022–29,126 bp · −
trnD-GUC · PQ178989.1 · 29,641–29,714 bp · −
trnY-GUA · PQ178989.1 · 29,814–29,897 bp · −
trnE-UUC · PQ178989.1 · 29,957–30,029 bp · −
trnS-UGA · PQ178989.1 · 34,581–34,673 bp · −
trnfM-CAU · PQ178989.1 · 35,695–35,768 bp · −
rps14 · PQ178989.1 · 35,913–36,215 bp · −
psaB · PQ178989.1 · 36,338–38,542 bp · −
psaA · PQ178989.1 · 38,568–40,820 bp · −
ycf3 · PQ178989.1 · 41,538–43,461 bp · −
rps4 · PQ178989.1 · 44,283–44,888 bp · −
trnT-UGU · PQ178989.1 · 45,231–45,303 bp · −
ndhJ · PQ178989.1 · 47,558–48,034 bp · −
ndhK · PQ178989.1 · 48,135–48,818 bp · −
ndhC · PQ178989.1 · 48,871–49,233 bp · −
trnV-UAC · PQ178989.1 · 49,528–50,193 bp · −
atpE · PQ178989.1 · 50,646–51,047 bp · −
atpB · PQ178989.1 · 51,044–52,540 bp · −
psbJ · PQ178989.1 · 62,103–62,225 bp · −
psbL · PQ178989.1 · 62,367–62,483 bp · −
psbF · PQ178989.1 · 62,507–62,626 bp · −
psbE · PQ178989.1 · 62,641–62,892 bp · −
trnW-CCA · PQ178989.1 · 64,240–64,313 bp · −
trnP-UGG · PQ178989.1 · 64,475–64,548 bp · −
rpl20 · PQ178989.1 · 66,373–66,759 bp · −
rps12 · PQ178989.1 · 67,593–67,706 bp · −
rps12 · PQ178989.1 · 94,772–95,568 bp · −
clpP · PQ178989.1 · 67,832–69,772 bp · −
psbN · PQ178989.1 · 72,062–72,193 bp · −
rpoA · PQ178989.1 · 75,568–76,581 bp · −
rps11 · PQ178989.1 · 76,653–77,069 bp · −
rpl36 · PQ178989.1 · 77,171–77,284 bp · −
infA · PQ178989.1 · 77,380–77,613 bp · −
rps8 · PQ178989.1 · 77,744–78,148 bp · −
rpl14 · PQ178989.1 · 78,299–78,667 bp · −
rpl16 · PQ178989.1 · 78,787–80,020 bp · −
rps3 · PQ178989.1 · 80,177–80,827 bp · −
rpl22 · PQ178989.1 · 80,812–81,279 bp · −
rps19 · PQ178989.1 · 81,334–81,612 bp · −
rpl2 · PQ178989.1 · 81,665–83,153 bp · −
rpl23 · PQ178989.1 · 83,172–83,453 bp · −
trnI-CAU · PQ178989.1 · 83,619–83,692 bp · −
trnL-CAA · PQ178989.1 · 91,134–91,214 bp · −
ndhB · PQ178989.1 · 91,763–93,975 bp · −
rps7 · PQ178989.1 · 94,251–94,718 bp · −
rrn16 · PQ178989.1 · 97,466–98,955 bp · −
trnN-GUU · PQ178989.1 · 105,619–105,690 bp · −
ndhF · PQ178989.1 · 107,077–109,317 bp · −
ndhD · PQ178989.1 · 111,771–113,273 bp · −
psaC · PQ178989.1 · 113,393–113,638 bp · −
ndhE · PQ178989.1 · 113,889–114,194 bp · −
ndhG · PQ178989.1 · 114,413–114,943 bp · −
ndhI · PQ178989.1 · 115,279–115,785 bp · −
ndhA · PQ178989.1 · 115,861–117,938 bp · −
ndhH · PQ178989.1 · 117,940–119,121 bp · −
rps15 · PQ178989.1 · 119,218–119,490 bp · −
ycf1 · PQ178989.1 · 119,867–125,266 bp · −
trnR-ACG · PQ178989.1 · 126,239–126,312 bp · −
rrn5 · PQ178989.1 · 126,557–126,677 bp · −
rrn4.5 · PQ178989.1 · 126,907–127,009 bp · −
rrn23 · PQ178989.1 · 127,009–129,926 bp · −
trnA-UGC · PQ178989.1 · 130,088–130,964 bp · −
trnI-GAU · PQ178989.1 · 131,024–132,043 bp · −
trnV-GAC · PQ178989.1 · 134,062–134,133 bp · −
ycf2 · PQ178989.1 · 140,771–147,517 bp · −
psbK · PQ178989.1 · 7,465–7,650 bp · +
psbI · PQ178989.1 · 8,034–8,144 bp · +
trnG-UCC · PQ178989.1 · 9,028–9,793 bp · +
trnR-UCU · PQ178989.1 · 9,980–10,051 bp · +
trnC-GCA · PQ178989.1 · 27,997–28,067 bp · +
petN · PQ178989.1 · 28,376–28,465 bp · +
trnT-GGU · PQ178989.1 · 30,436–30,507 bp · +
psbD · PQ178989.1 · 31,896–32,957 bp · +
psbC · PQ178989.1 · 32,905–34,326 bp · +
psbZ · PQ178989.1 · 34,999–35,187 bp · +
trnG-GCC · PQ178989.1 · 35,454–35,524 bp · +
trnS-GGA · PQ178989.1 · 43,887–43,973 bp · +
trnL-UAA · PQ178989.1 · 45,965–46,530 bp · +
trnF-GAA · PQ178989.1 · 46,829–46,901 bp · +
trnM-CAU · PQ178989.1 · 50,374–50,446 bp · +
rbcL · PQ178989.1 · 53,340–54,782 bp · +
accD · PQ178989.1 · 55,458–56,993 bp · +
psaI · PQ178989.1 · 57,458–57,568 bp · +
ycf4 · PQ178989.1 · 57,980–58,534 bp · +
cemA · PQ178989.1 · 59,325–60,014 bp · +
petA · PQ178989.1 · 60,230–61,192 bp · +
petL · PQ178989.1 · 63,736–63,831 bp · +
petG · PQ178989.1 · 64,001–64,114 bp · +
psaJ · PQ178989.1 · 64,852–64,986 bp · +
rpl33 · PQ178989.1 · 65,454–65,654 bp · +
rps18 · PQ178989.1 · 65,820–66,125 bp · +
rps12 · PQ178989.1 · 135,730–136,526 bp · +
psbB · PQ178989.1 · 70,193–71,719 bp · +
psbT · PQ178989.1 · 71,895–71,996 bp · +
psbH · PQ178989.1 · 72,299–72,520 bp · +
petB · PQ178989.1 · 72,640–73,975 bp · +
petD · PQ178989.1 · 74,169–75,382 bp · +
ycf2 · PQ178989.1 · 83,781–90,527 bp · +
trnV-GAC · PQ178989.1 · 97,165–97,236 bp · +
trnI-GAU · PQ178989.1 · 99,255–100,274 bp · +
trnA-UGC · PQ178989.1 · 100,334–101,210 bp · +
rrn23 · PQ178989.1 · 101,372–104,289 bp · +
rrn4.5 · PQ178989.1 · 104,289–104,391 bp · +
rrn5 · PQ178989.1 · 104,621–104,741 bp · +
trnR-ACG · PQ178989.1 · 104,986–105,059 bp · +
ycf1 · PQ178989.1 · 106,032–107,186 bp · +
rpl32 · PQ178989.1 · 109,843–110,019 bp · +
trnL-UAG · PQ178989.1 · 110,420–110,499 bp · +
ccsA · PQ178989.1 · 110,597–111,568 bp · +
trnN-GUU · PQ178989.1 · 125,608–125,679 bp · +
rrn16 · PQ178989.1 · 132,343–133,832 bp · +
rps7 · PQ178989.1 · 136,580–137,047 bp · +
ndhB · PQ178989.1 · 137,323–139,535 bp · +
trnL-CAA · PQ178989.1 · 140,084–140,164 bp · +
trnI-CAU · PQ178989.1 · 147,606–147,679 bp · +
rpl23 · PQ178989.1 · 147,845–148,126 bp · +
rpl2 · PQ178989.1 · 148,145–149,633 bp · +
0 kb
12 kb
24 kb
36 kb
48 kb
60 kb
72 kb
84 kb
96 kb
108 kb
120 kb
132 kb
144 kb
Ajuga multiflora
ANNOTATED PLASTOME
PQ178989.1
149,745 bp · 131 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37436 74872 112309 149745 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 trnV-GAC trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG ycf1 rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rrn16 rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 rrn16 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU trnV-GAC ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
132 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 5 78 74 Locate
psbA gene − 406 1464 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1697 4269 2573 Locate
matK gene − 1969 3531 1563 Locate
rps16 gene − 5151 6293 1143 Locate
trnQ-UUG gene − 7064 7135 72 Locate
psbK gene + 7465 7650 186 Locate
psbI gene + 8034 8144 111 Locate
trnS-GCU gene − 8262 8349 88 Locate
trnG-UCC gene + 9028 9793 766 Locate
trnR-UCU gene + 9980 10051 72 Locate
atpA gene − 10157 11680 1524 Locate
atpF gene − 11768 13007 1240 Locate
atpH gene − 13363 13608 246 Locate
atpI gene − 14570 15313 744 Locate
rps2 gene − 15510 16220 711 Locate
rpoC2 gene − 16537 20595 4059 Locate
rpoC1 gene − 20756 23610 2855 Locate
rpoB gene − 23637 26849 3213 Locate
trnC-GCA gene + 27997 28067 71 Locate
petN gene + 28376 28465 90 Locate
psbM gene − 29022 29126 105 Locate
trnD-GUC gene − 29641 29714 74 Locate
trnY-GUA gene − 29814 29897 84 Locate
trnE-UUC gene − 29957 30029 73 Locate
trnT-GGU gene + 30436 30507 72 Locate
psbD gene + 31896 32957 1062 Locate
psbC gene + 32905 34326 1422 Locate
trnS-UGA gene − 34581 34673 93 Locate
psbZ gene + 34999 35187 189 Locate
trnG-GCC gene + 35454 35524 71 Locate
trnfM-CAU gene − 35695 35768 74 Locate
rps14 gene − 35913 36215 303 Locate
psaB gene − 36338 38542 2205 Locate
psaA gene − 38568 40820 2253 Locate
ycf3 gene − 41538 43461 1924 Locate
trnS-GGA gene + 43887 43973 87 Locate
rps4 gene − 44283 44888 606 Locate
trnT-UGU gene − 45231 45303 73 Locate
trnL-UAA gene + 45965 46530 566 Locate
trnF-GAA gene + 46829 46901 73 Locate
ndhJ gene − 47558 48034 477 Locate
ndhK gene − 48135 48818 684 Locate
ndhC gene − 48871 49233 363 Locate
trnV-UAC gene − 49528 50193 666 Locate
trnM-CAU gene + 50374 50446 73 Locate
atpE gene − 50646 51047 402 Locate
atpB gene − 51044 52540 1497 Locate
rbcL gene + 53340 54782 1443 Locate
accD gene + 55458 56993 1536 Locate
psaI gene + 57458 57568 111 Locate
ycf4 gene + 57980 58534 555 Locate
cemA gene + 59325 60014 690 Locate
petA gene + 60230 61192 963 Locate
psbJ gene − 62103 62225 123 Locate
psbL gene − 62367 62483 117 Locate
psbF gene − 62507 62626 120 Locate
psbE gene − 62641 62892 252 Locate
petL gene + 63736 63831 96 Locate
petG gene + 64001 64114 114 Locate
trnW-CCA gene − 64240 64313 74 Locate
trnP-UGG gene − 64475 64548 74 Locate
psaJ gene + 64852 64986 135 Locate
rpl33 gene + 65454 65654 201 Locate
rps18 gene + 65820 66125 306 Locate
rpl20 gene − 66373 66759 387 Locate
rps12 gene − 67593 67706 114 Locate
clpP gene − 67832 69772 1941 Locate
psbB gene + 70193 71719 1527 Locate
psbT gene + 71895 71996 102 Locate
psbN gene − 72062 72193 132 Locate
psbH gene + 72299 72520 222 Locate
petB gene + 72640 73975 1336 Locate
petD gene + 74169 75382 1214 Locate
rpoA gene − 75568 76581 1014 Locate
rps11 gene − 76653 77069 417 Locate
rpl36 gene − 77171 77284 114 Locate
infA gene − 77380 77613 234 Locate
rps8 gene − 77744 78148 405 Locate
rpl14 gene − 78299 78667 369 Locate
rpl16 gene − 78787 80020 1234 Locate
rps3 gene − 80177 80827 651 Locate
rpl22 gene − 80812 81279 468 Locate
rps19 gene − 81334 81612 279 Locate
rpl2 gene − 81665 83153 1489 Locate
rpl23 gene − 83172 83453 282 Locate
trnI-CAU gene − 83619 83692 74 Locate
ycf2 gene + 83781 90527 6747 Locate
trnL-CAA gene − 91134 91214 81 Locate
ndhB gene − 91763 93975 2213 Locate
rps7 gene − 94251 94718 468 Locate
rps12 gene − 94772 95568 797 Locate
trnV-GAC gene + 97165 97236 72 Locate
rrn16 gene − 97466 98955 1490 Locate
trnI-GAU gene + 99255 100274 1020 Locate
trnA-UGC gene + 100334 101210 877 Locate
rrn23 gene + 101372 104289 2918 Locate
rrn4.5 gene + 104289 104391 103 Locate
rrn5 gene + 104621 104741 121 Locate
trnR-ACG gene + 104986 105059 74 Locate
trnN-GUU gene − 105619 105690 72 Locate
ycf1 gene + 106032 107186 1155 Locate
ndhF gene − 107077 109317 2241 Locate
rpl32 gene + 109843 110019 177 Locate
trnL-UAG gene + 110420 110499 80 Locate
ccsA gene + 110597 111568 972 Locate
ndhD gene − 111771 113273 1503 Locate
psaC gene − 113393 113638 246 Locate
ndhE gene − 113889 114194 306 Locate
ndhG gene − 114413 114943 531 Locate
ndhI gene − 115279 115785 507 Locate
ndhA gene − 115861 117938 2078 Locate
ndhH gene − 117940 119121 1182 Locate
rps15 gene − 119218 119490 273 Locate
ycf1 gene − 119867 125266 5400 Locate
trnN-GUU gene + 125608 125679 72 Locate
trnR-ACG gene − 126239 126312 74 Locate
rrn5 gene − 126557 126677 121 Locate
rrn4.5 gene − 126907 127009 103 Locate
rrn23 gene − 127009 129926 2918 Locate
trnA-UGC gene − 130088 130964 877 Locate
trnI-GAU gene − 131024 132043 1020 Locate
rrn16 gene + 132343 133832 1490 Locate
trnV-GAC gene − 134062 134133 72 Locate
rps12 gene + 135730 136526 797 Locate
rps7 gene + 136580 137047 468 Locate
ndhB gene + 137323 139535 2213 Locate
trnL-CAA gene + 140084 140164 81 Locate
ycf2 gene − 140771 147517 6747 Locate
trnI-CAU gene + 147606 147679 74 Locate
rpl23 gene + 147845 148126 282 Locate
rpl2 gene + 148145 149633 1489 Locate
Status Available
Accession PQ178989.1
Length 149,745 bp
GC content 38.3%
Annotated genes 131
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 13 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources