Ocimum kilimandscharicum chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
trnH-GUG · MW829603.2 · 13–87 bp · −
psbA · MW829603.2 · 389–1,447 bp · −
matK · MW829603.2 · 1,988–3,508 bp · −
trnK-UUU · MW829603.2 · 4,200–4,236 bp · −
rps16 · MW829603.2 · 4,777–5,890 bp · −
trnQ-UUG · MW829603.2 · 6,377–6,448 bp · −
trnS-GCU · MW829603.2 · 7,656–7,743 bp · −
atpA · MW829603.2 · 9,621–11,144 bp · −
atpF · MW829603.2 · 11,245–12,485 bp · −
atpH · MW829603.2 · 12,782–13,027 bp · −
atpI · MW829603.2 · 14,046–14,789 bp · −
rps2 · MW829603.2 · 15,014–15,724 bp · −
rpoC2 · MW829603.2 · 15,942–20,099 bp · −
rpoC1 · MW829603.2 · 20,276–23,095 bp · −
rpoB · MW829603.2 · 23,122–26,334 bp · −
psbM · MW829603.2 · 28,852–28,956 bp · −
trnD-GUC · MW829603.2 · 29,475–29,548 bp · −
trnY-GUA · MW829603.2 · 29,658–29,741 bp · −
trnE-UUC · MW829603.2 · 29,802–29,874 bp · −
trnS-UGA · MW829603.2 · 34,489–34,581 bp · −
trnfM-CAU · MW829603.2 · 35,589–35,662 bp · −
rps14 · MW829603.2 · 35,807–36,109 bp · −
psaB · MW829603.2 · 36,232–38,436 bp · −
psaA · MW829603.2 · 38,462–40,714 bp · −
ycf3 · MW829603.2 · 41,499–43,449 bp · −
rps4 · MW829603.2 · 44,685–45,290 bp · −
trnT-UGU · MW829603.2 · 45,677–45,749 bp · −
ndhJ · MW829603.2 · 48,022–48,498 bp · −
ndhK · MW829603.2 · 48,610–49,287 bp · −
ndhC · MW829603.2 · 49,339–49,701 bp · −
trnV-UAC · MW829603.2 · 50,626–51,276 bp · −
atpE · MW829603.2 · 51,720–52,121 bp · −
atpB · MW829603.2 · 52,118–53,614 bp · −
psbJ · MW829603.2 · 63,343–63,465 bp · −
psbL · MW829603.2 · 63,600–63,716 bp · −
psbF · MW829603.2 · 63,740–63,859 bp · −
psbE · MW829603.2 · 63,874–64,125 bp · −
trnW-CCA · MW829603.2 · 65,499–65,572 bp · −
trnP-UGG · MW829603.2 · 65,741–65,814 bp · −
rpl20 · MW829603.2 · 67,578–67,964 bp · −
rps12 · MW829603.2 · 68,700–68,813 bp · −
rps12 · MW829603.2 · 96,057–96,850 bp · −
clpP1 · MW829603.2 · 68,929–70,847 bp · −
pbf1 · MW829603.2 · 73,179–73,310 bp · −
rpoA · MW829603.2 · 76,678–77,685 bp · −
rps11 · MW829603.2 · 77,755–78,171 bp · −
rpl36 · MW829603.2 · 78,281–78,394 bp · −
infA · MW829603.2 · 78,490–78,723 bp · −
rps8 · MW829603.2 · 78,860–79,264 bp · −
rpl14 · MW829603.2 · 79,436–79,804 bp · −
rpl16 · MW829603.2 · 79,936–81,200 bp · −
rps3 · MW829603.2 · 81,344–82,006 bp · −
rpl22 · MW829603.2 · 81,991–82,464 bp · −
rps19 · MW829603.2 · 82,546–82,824 bp · −
rpl2 · MW829603.2 · 82,893–84,371 bp · −
rpl23 · MW829603.2 · 84,390–84,671 bp · −
trnI-CAU · MW829603.2 · 84,837–84,910 bp · −
trnL-CAA · MW829603.2 · 92,420–92,500 bp · −
ndhB · MW829603.2 · 93,075–95,282 bp · −
rps7 · MW829603.2 · 95,536–96,003 bp · −
trnN-GUU · MW829603.2 · 106,978–107,049 bp · −
ndhF · MW829603.2 · 108,415–110,652 bp · −
ndhD · MW829603.2 · 113,343–114,845 bp · −
psaC · MW829603.2 · 114,963–115,208 bp · −
ndhE · MW829603.2 · 115,464–115,769 bp · −
ndhG · MW829603.2 · 115,973–116,503 bp · −
ndhI · MW829603.2 · 116,866–117,372 bp · −
ndhA · MW829603.2 · 117,453–119,567 bp · −
ndhH · MW829603.2 · 119,569–120,750 bp · −
rps15 · MW829603.2 · 120,865–121,137 bp · −
ycf1 · MW829603.2 · 121,572–127,133 bp · −
trnR-ACG · MW829603.2 · 128,114–128,187 bp · −
rrn5 · MW829603.2 · 128,431–128,551 bp · −
rrn4.5 · MW829603.2 · 128,807–128,909 bp · −
rrn23 · MW829603.2 · 129,008–131,818 bp · −
trnA-UGC · MW829603.2 · 131,983–132,860 bp · −
trnI-GAU · MW829603.2 · 133,854–133,941 bp · −
rrn16 · MW829603.2 · 134,247–135,737 bp · −
trnV-GAC · MW829603.2 · 135,958–136,029 bp · −
ycf15 · MW829603.2 · 142,359–142,556 bp · −
ycf2 · MW829603.2 · 142,698–149,519 bp · −
psbK · MW829603.2 · 6,813–6,998 bp · +
psbI · MW829603.2 · 7,392–7,502 bp · +
trnG-UCC · MW829603.2 · 8,498–9,257 bp · +
trnR-UCU · MW829603.2 · 9,445–9,516 bp · +
trnC-GCA · MW829603.2 · 27,515–27,585 bp · +
petN · MW829603.2 · 27,748–27,837 bp · +
trnT-GGU · MW829603.2 · 30,484–30,555 bp · +
psbD · MW829603.2 · 31,823–32,884 bp · +
psbC · MW829603.2 · 32,832–34,253 bp · +
psbZ · MW829603.2 · 34,915–35,103 bp · +
trnG-UCC · MW829603.2 · 35,348–35,418 bp · +
trnS-GGA · MW829603.2 · 44,304–44,390 bp · +
trnL-UAA · MW829603.2 · 46,440–46,994 bp · +
trnF-GAA · MW829603.2 · 47,270–47,342 bp · +
trnM-CAU · MW829603.2 · 51,457–51,529 bp · +
rbcL · MW829603.2 · 54,374–55,828 bp · +
accD · MW829603.2 · 56,451–58,061 bp · +
psaI · MW829603.2 · 58,787–58,897 bp · +
ycf4 · MW829603.2 · 59,342–59,896 bp · +
cemA · MW829603.2 · 60,491–61,180 bp · +
petA · MW829603.2 · 61,372–62,334 bp · +
petL · MW829603.2 · 65,000–65,095 bp · +
petG · MW829603.2 · 65,263–65,376 bp · +
psaJ · MW829603.2 · 66,096–66,230 bp · +
rpl33 · MW829603.2 · 66,679–66,879 bp · +
rps18 · MW829603.2 · 67,040–67,345 bp · +
rps12 · MW829603.2 · 137,674–138,467 bp · +
psbB · MW829603.2 · 71,304–72,830 bp · +
psbT · MW829603.2 · 73,012–73,113 bp · +
psbH · MW829603.2 · 73,416–73,634 bp · +
petB · MW829603.2 · 73,765–75,120 bp · +
petD · MW829603.2 · 75,316–76,506 bp · +
ycf2 · MW829603.2 · 85,005–91,826 bp · +
ycf15 · MW829603.2 · 91,968–92,165 bp · +
trnV-GAC · MW829603.2 · 98,495–98,566 bp · +
rrn16 · MW829603.2 · 98,787–100,277 bp · +
trnI-GAU · MW829603.2 · 100,583–100,670 bp · +
trnA-UGC · MW829603.2 · 101,664–102,541 bp · +
rrn23 · MW829603.2 · 102,706–105,516 bp · +
rrn4.5 · MW829603.2 · 105,615–105,717 bp · +
rrn5 · MW829603.2 · 105,973–106,093 bp · +
trnR-ACG · MW829603.2 · 106,337–106,410 bp · +
ycf1 · MW829603.2 · 107,391–108,521 bp · +
rpl32 · MW829603.2 · 111,122–111,295 bp · +
trnL-UAG · MW829603.2 · 111,984–112,063 bp · +
ccsA · MW829603.2 · 112,153–113,124 bp · +
trnN-GUU · MW829603.2 · 127,475–127,546 bp · +
rps7 · MW829603.2 · 138,521–138,988 bp · +
ndhB · MW829603.2 · 139,242–141,449 bp · +
trnL-CAA · MW829603.2 · 142,024–142,104 bp · +
trnI-CAU · MW829603.2 · 149,614–149,687 bp · +
rpl23 · MW829603.2 · 149,853–150,134 bp · +
rpl2 · MW829603.2 · 150,153–151,631 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Ocimum kilimandscharicum
ANNOTATED PLASTOME
MW829603.2
151,741 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37935 75870 113806 151741 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-UCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG ycf1 rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA matK trnK-UUU rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP1 pbf1 rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 13 87 75 Locate
psbA gene − 389 1447 1059 Locate
matK gene − 1988 3508 1521 Locate
trnK-UUU gene − 4200 4236 37 Locate
rps16 gene − 4777 5890 1114 Locate
trnQ-UUG gene − 6377 6448 72 Locate
psbK gene + 6813 6998 186 Locate
psbI gene + 7392 7502 111 Locate
trnS-GCU gene − 7656 7743 88 Locate
trnG-UCC gene + 8498 9257 760 Locate
trnR-UCU gene + 9445 9516 72 Locate
atpA gene − 9621 11144 1524 Locate
atpF gene − 11245 12485 1241 Locate
atpH gene − 12782 13027 246 Locate
atpI gene − 14046 14789 744 Locate
rps2 gene − 15014 15724 711 Locate
rpoC2 gene − 15942 20099 4158 Locate
rpoC1 gene − 20276 23095 2820 Locate
rpoB gene − 23122 26334 3213 Locate
trnC-GCA gene + 27515 27585 71 Locate
petN gene + 27748 27837 90 Locate
psbM gene − 28852 28956 105 Locate
trnD-GUC gene − 29475 29548 74 Locate
trnY-GUA gene − 29658 29741 84 Locate
trnE-UUC gene − 29802 29874 73 Locate
trnT-GGU gene + 30484 30555 72 Locate
psbD gene + 31823 32884 1062 Locate
psbC gene + 32832 34253 1422 Locate
trnS-UGA gene − 34489 34581 93 Locate
psbZ gene + 34915 35103 189 Locate
trnG-UCC gene + 35348 35418 71 Locate
trnfM-CAU gene − 35589 35662 74 Locate
rps14 gene − 35807 36109 303 Locate
psaB gene − 36232 38436 2205 Locate
psaA gene − 38462 40714 2253 Locate
ycf3 gene − 41499 43449 1951 Locate
trnS-GGA gene + 44304 44390 87 Locate
rps4 gene − 44685 45290 606 Locate
trnT-UGU gene − 45677 45749 73 Locate
trnL-UAA gene + 46440 46994 555 Locate
trnF-GAA gene + 47270 47342 73 Locate
ndhJ gene − 48022 48498 477 Locate
ndhK gene − 48610 49287 678 Locate
ndhC gene − 49339 49701 363 Locate
trnV-UAC gene − 50626 51276 651 Locate
trnM-CAU gene + 51457 51529 73 Locate
atpE gene − 51720 52121 402 Locate
atpB gene − 52118 53614 1497 Locate
rbcL gene + 54374 55828 1455 Locate
accD gene + 56451 58061 1611 Locate
psaI gene + 58787 58897 111 Locate
ycf4 gene + 59342 59896 555 Locate
cemA gene + 60491 61180 690 Locate
petA gene + 61372 62334 963 Locate
psbJ gene − 63343 63465 123 Locate
psbL gene − 63600 63716 117 Locate
psbF gene − 63740 63859 120 Locate
psbE gene − 63874 64125 252 Locate
petL gene + 65000 65095 96 Locate
petG gene + 65263 65376 114 Locate
trnW-CCA gene − 65499 65572 74 Locate
trnP-UGG gene − 65741 65814 74 Locate
psaJ gene + 66096 66230 135 Locate
rpl33 gene + 66679 66879 201 Locate
rps18 gene + 67040 67345 306 Locate
rpl20 gene − 67578 67964 387 Locate
rps12 gene − 68700 68813 114 Locate
clpP1 gene − 68929 70847 1919 Locate
psbB gene + 71304 72830 1527 Locate
psbT gene + 73012 73113 102 Locate
pbf1 gene − 73179 73310 132 Locate
psbH gene + 73416 73634 219 Locate
petB gene + 73765 75120 1356 Locate
petD gene + 75316 76506 1191 Locate
rpoA gene − 76678 77685 1008 Locate
rps11 gene − 77755 78171 417 Locate
rpl36 gene − 78281 78394 114 Locate
infA gene − 78490 78723 234 Locate
rps8 gene − 78860 79264 405 Locate
rpl14 gene − 79436 79804 369 Locate
rpl16 gene − 79936 81200 1265 Locate
rps3 gene − 81344 82006 663 Locate
rpl22 gene − 81991 82464 474 Locate
rps19 gene − 82546 82824 279 Locate
rpl2 gene − 82893 84371 1479 Locate
rpl23 gene − 84390 84671 282 Locate
trnI-CAU gene − 84837 84910 74 Locate
ycf2 gene + 85005 91826 6822 Locate
ycf15 gene + 91968 92165 198 Locate
trnL-CAA gene − 92420 92500 81 Locate
ndhB gene − 93075 95282 2208 Locate
rps7 gene − 95536 96003 468 Locate
rps12 gene − 96057 96850 794 Locate
trnV-GAC gene + 98495 98566 72 Locate
rrn16 gene + 98787 100277 1491 Locate
trnI-GAU gene + 100583 100670 88 Locate
trnA-UGC gene + 101664 102541 878 Locate
rrn23 gene + 102706 105516 2811 Locate
rrn4.5 gene + 105615 105717 103 Locate
rrn5 gene + 105973 106093 121 Locate
trnR-ACG gene + 106337 106410 74 Locate
trnN-GUU gene − 106978 107049 72 Locate
ycf1 gene + 107391 108521 1131 Locate
ndhF gene − 108415 110652 2238 Locate
rpl32 gene + 111122 111295 174 Locate
trnL-UAG gene + 111984 112063 80 Locate
ccsA gene + 112153 113124 972 Locate
ndhD gene − 113343 114845 1503 Locate
psaC gene − 114963 115208 246 Locate
ndhE gene − 115464 115769 306 Locate
ndhG gene − 115973 116503 531 Locate
ndhI gene − 116866 117372 507 Locate
ndhA gene − 117453 119567 2115 Locate
ndhH gene − 119569 120750 1182 Locate
rps15 gene − 120865 121137 273 Locate
ycf1 gene − 121572 127133 5562 Locate
trnN-GUU gene + 127475 127546 72 Locate
trnR-ACG gene − 128114 128187 74 Locate
rrn5 gene − 128431 128551 121 Locate
rrn4.5 gene − 128807 128909 103 Locate
rrn23 gene − 129008 131818 2811 Locate
trnA-UGC gene − 131983 132860 878 Locate
trnI-GAU gene − 133854 133941 88 Locate
rrn16 gene − 134247 135737 1491 Locate
trnV-GAC gene − 135958 136029 72 Locate
rps12 gene + 137674 138467 794 Locate
rps7 gene + 138521 138988 468 Locate
ndhB gene + 139242 141449 2208 Locate
trnL-CAA gene + 142024 142104 81 Locate
ycf15 gene − 142359 142556 198 Locate
ycf2 gene − 142698 149519 6822 Locate
trnI-CAU gene + 149614 149687 74 Locate
rpl23 gene + 149853 150134 282 Locate
rpl2 gene + 150153 151631 1479 Locate
Status Available
Accession MW829603.2
Length 151,741 bp
GC content 37.9%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 14 Other 16 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 0
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources