Salvia sonchifolia chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
LSC
IR
SSC
IR
trnH-GUG · MW752201.1 · 11–84 bp · −
psbA · MW752201.1 · 398–1,456 bp · −
trnK-UUU · MW752201.1 · 1,688–4,274 bp · −
matK · MW752201.1 · 1,986–3,542 bp · −
rps16 · MW752201.1 · 4,692–5,796 bp · −
trnQ-UUG · MW752201.1 · 6,717–6,788 bp · −
trnS-GCU · MW752201.1 · 8,035–8,122 bp · −
atpA · MW752201.1 · 9,930–11,453 bp · −
atpF · MW752201.1 · 11,548–12,795 bp · −
atpH · MW752201.1 · 13,063–13,308 bp · −
atpI · MW752201.1 · 14,306–15,049 bp · −
rps2 · MW752201.1 · 15,274–15,984 bp · −
rpoC2 · MW752201.1 · 16,194–20,381 bp · −
rpoC1 · MW752201.1 · 20,546–23,366 bp · −
rpoB · MW752201.1 · 23,393–26,605 bp · −
psbM · MW752201.1 · 29,056–29,160 bp · −
trnD-GUC · MW752201.1 · 29,656–29,729 bp · −
trnY-GUA · MW752201.1 · 29,840–29,923 bp · −
trnE-UUC · MW752201.1 · 29,995–30,067 bp · −
trnS-UGA · MW752201.1 · 34,754–34,846 bp · −
trnfM-CAU · MW752201.1 · 35,882–35,955 bp · −
rps14 · MW752201.1 · 36,100–36,402 bp · −
psaB · MW752201.1 · 36,525–38,729 bp · −
psaA · MW752201.1 · 38,755–41,007 bp · −
ycf3 · MW752201.1 · 41,809–43,740 bp · −
rps4 · MW752201.1 · 44,925–45,530 bp · −
trnT-UGU · MW752201.1 · 45,881–45,953 bp · −
ndhJ · MW752201.1 · 48,096–48,572 bp · −
ndhK · MW752201.1 · 48,683–49,360 bp · −
ndhC · MW752201.1 · 49,412–49,774 bp · −
trnV-UAC · MW752201.1 · 50,720–51,363 bp · −
atpE · MW752201.1 · 51,827–52,228 bp · −
atpB · MW752201.1 · 52,225–53,721 bp · −
psbJ · MW752201.1 · 63,297–63,419 bp · −
psbL · MW752201.1 · 63,554–63,670 bp · −
psbF · MW752201.1 · 63,694–63,813 bp · −
psbE · MW752201.1 · 63,828–64,079 bp · −
trnW-CCA · MW752201.1 · 65,415–65,488 bp · −
trnP-UGG · MW752201.1 · 65,663–65,736 bp · −
rpl20 · MW752201.1 · 67,519–67,905 bp · −
rps12 · MW752201.1 · 68,703–68,816 bp · −
rps12 · MW752201.1 · 96,131–96,914 bp · −
clpP · MW752201.1 · 68,941–70,834 bp · −
psbN · MW752201.1 · 73,157–73,288 bp · −
rpoA · MW752201.1 · 76,673–77,680 bp · −
rps11 · MW752201.1 · 77,752–78,156 bp · −
rpl36 · MW752201.1 · 78,283–78,396 bp · −
infA · MW752201.1 · 78,492–78,725 bp · −
rps8 · MW752201.1 · 78,852–79,265 bp · −
rpl14 · MW752201.1 · 79,457–79,825 bp · −
rpl16 · MW752201.1 · 79,962–81,236 bp · −
rps3 · MW752201.1 · 81,372–82,034 bp · −
rpl22 · MW752201.1 · 82,019–82,486 bp · −
rps19 · MW752201.1 · 82,563–82,844 bp · −
rpl2 · MW752201.1 · 82,904–84,381 bp · −
rpl23 · MW752201.1 · 84,400–84,681 bp · −
trnI-CAU · MW752201.1 · 84,847–84,920 bp · −
trnL-CAA · MW752201.1 · 92,487–92,567 bp · −
ndhB · MW752201.1 · 93,128–95,281 bp · −
rps7 · MW752201.1 · 95,610–96,077 bp · −
trnN-GUU · MW752201.1 · 107,002–107,073 bp · −
ndhF · MW752201.1 · 108,130–110,370 bp · −
ndhD · MW752201.1 · 113,065–114,546 bp · −
psaC · MW752201.1 · 114,707–114,952 bp · −
ndhE · MW752201.1 · 115,203–115,505 bp · −
ndhG · MW752201.1 · 115,729–116,259 bp · −
ndhI · MW752201.1 · 116,641–117,147 bp · −
ndhA · MW752201.1 · 117,229–119,318 bp · −
ndhH · MW752201.1 · 119,320–120,531 bp · −
rps15 · MW752201.1 · 120,601–120,873 bp · −
ycf1 · MW752201.1 · 121,320–126,980 bp · −
trnR-ACG · MW752201.1 · 127,790–127,863 bp · −
rrn5 · MW752201.1 · 128,107–128,227 bp · −
rrn4.5 · MW752201.1 · 128,483–128,585 bp · −
rrn23 · MW752201.1 · 128,686–131,494 bp · −
trnA-UGC · MW752201.1 · 131,680–132,556 bp · −
trnI-GAU · MW752201.1 · 132,621–133,639 bp · −
rrn16 · MW752201.1 · 133,932–135,422 bp · −
trnV-GAC · MW752201.1 · 135,649–135,720 bp · −
ycf15 · MW752201.1 · 142,046–142,294 bp · −
ycf2 · MW752201.1 · 142,385–149,263 bp · −
psbK · MW752201.1 · 7,194–7,373 bp · +
psbI · MW752201.1 · 7,772–7,882 bp · +
trnG-UCC · MW752201.1 · 8,812–9,565 bp · +
trnR-UCU · MW752201.1 · 9,752–9,823 bp · +
trnC-GCA · MW752201.1 · 27,743–27,813 bp · +
petN · MW752201.1 · 27,977–28,066 bp · +
trnT-GGU · MW752201.1 · 30,624–30,695 bp · +
psbD · MW752201.1 · 32,077–33,138 bp · +
psbC · MW752201.1 · 33,086–34,507 bp · +
psbZ · MW752201.1 · 35,181–35,369 bp · +
trnG-GCC · MW752201.1 · 35,640–35,710 bp · +
trnS-GGA · MW752201.1 · 44,556–44,642 bp · +
trnL-UAA · MW752201.1 · 46,634–47,167 bp · +
trnF-GAA · MW752201.1 · 47,473–47,545 bp · +
trnM-CAU · MW752201.1 · 51,544–51,616 bp · +
rbcL · MW752201.1 · 54,488–55,942 bp · +
accD · MW752201.1 · 56,642–58,123 bp · +
psaI · MW752201.1 · 58,605–58,715 bp · +
ycf4 · MW752201.1 · 59,161–59,715 bp · +
cemA · MW752201.1 · 60,375–61,064 bp · +
petA · MW752201.1 · 61,279–62,241 bp · +
petL · MW752201.1 · 64,913–65,008 bp · +
petG · MW752201.1 · 65,187–65,300 bp · +
psaJ · MW752201.1 · 65,985–66,158 bp · +
rpl33 · MW752201.1 · 66,608–66,808 bp · +
rps18 · MW752201.1 · 66,979–67,284 bp · +
rps12 · MW752201.1 · 137,358–138,141 bp · +
psbB · MW752201.1 · 71,276–72,802 bp · +
psbT · MW752201.1 · 72,989–73,096 bp · +
psbH · MW752201.1 · 73,394–73,615 bp · +
petB · MW752201.1 · 73,741–75,101 bp · +
petD · MW752201.1 · 75,294–76,496 bp · +
ycf2 · MW752201.1 · 85,009–91,887 bp · +
ycf15 · MW752201.1 · 91,978–92,226 bp · +
trnV-GAC · MW752201.1 · 98,552–98,623 bp · +
rrn16 · MW752201.1 · 98,850–100,340 bp · +
trnI-GAU · MW752201.1 · 100,633–101,651 bp · +
trnA-UGC · MW752201.1 · 101,716–102,592 bp · +
rrn23 · MW752201.1 · 102,778–105,586 bp · +
rrn4.5 · MW752201.1 · 105,687–105,789 bp · +
rrn5 · MW752201.1 · 106,045–106,165 bp · +
trnR-ACG · MW752201.1 · 106,409–106,482 bp · +
ycf1 · MW752201.1 · 107,292–108,161 bp · +
rpl32 · MW752201.1 · 110,802–110,972 bp · +
trnL-UAG · MW752201.1 · 111,685–111,764 bp · +
ccsA · MW752201.1 · 111,867–112,844 bp · +
trnN-GUU · MW752201.1 · 127,199–127,270 bp · +
rps7 · MW752201.1 · 138,195–138,662 bp · +
ndhB · MW752201.1 · 138,991–141,144 bp · +
trnL-CAA · MW752201.1 · 141,705–141,785 bp · +
trnI-CAU · MW752201.1 · 149,352–149,425 bp · +
rpl23 · MW752201.1 · 149,591–149,872 bp · +
rpl2 · MW752201.1 · 149,891–151,368 bp · +
rps19 · MW752201.1 · 151,428–151,469 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Salvia sonchifolia
ANNOTATED PLASTOME
MW752201.1
151,470 bp · 134 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37868 75735 113602 151470 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG ycf1 rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2 rps19
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
135 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 11 84 74 Locate
psbA gene − 398 1456 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1688 4274 2587 Locate
matK gene − 1986 3542 1557 Locate
rps16 gene − 4692 5796 1105 Locate
trnQ-UUG gene − 6717 6788 72 Locate
psbK gene + 7194 7373 180 Locate
psbI gene + 7772 7882 111 Locate
trnS-GCU gene − 8035 8122 88 Locate
trnG-UCC gene + 8812 9565 754 Locate
trnR-UCU gene + 9752 9823 72 Locate
atpA gene − 9930 11453 1524 Locate
atpF gene − 11548 12795 1248 Locate
atpH gene − 13063 13308 246 Locate
atpI gene − 14306 15049 744 Locate
rps2 gene − 15274 15984 711 Locate
rpoC2 gene − 16194 20381 4188 Locate
rpoC1 gene − 20546 23366 2821 Locate
rpoB gene − 23393 26605 3213 Locate
trnC-GCA gene + 27743 27813 71 Locate
petN gene + 27977 28066 90 Locate
psbM gene − 29056 29160 105 Locate
trnD-GUC gene − 29656 29729 74 Locate
trnY-GUA gene − 29840 29923 84 Locate
trnE-UUC gene − 29995 30067 73 Locate
trnT-GGU gene + 30624 30695 72 Locate
psbD gene + 32077 33138 1062 Locate
psbC gene + 33086 34507 1422 Locate
trnS-UGA gene − 34754 34846 93 Locate
psbZ gene + 35181 35369 189 Locate
trnG-GCC gene + 35640 35710 71 Locate
trnfM-CAU gene − 35882 35955 74 Locate
rps14 gene − 36100 36402 303 Locate
psaB gene − 36525 38729 2205 Locate
psaA gene − 38755 41007 2253 Locate
ycf3 gene − 41809 43740 1932 Locate
trnS-GGA gene + 44556 44642 87 Locate
rps4 gene − 44925 45530 606 Locate
trnT-UGU gene − 45881 45953 73 Locate
trnL-UAA gene + 46634 47167 534 Locate
trnF-GAA gene + 47473 47545 73 Locate
ndhJ gene − 48096 48572 477 Locate
ndhK gene − 48683 49360 678 Locate
ndhC gene − 49412 49774 363 Locate
trnV-UAC gene − 50720 51363 644 Locate
trnM-CAU gene + 51544 51616 73 Locate
atpE gene − 51827 52228 402 Locate
atpB gene − 52225 53721 1497 Locate
rbcL gene + 54488 55942 1455 Locate
accD gene + 56642 58123 1482 Locate
psaI gene + 58605 58715 111 Locate
ycf4 gene + 59161 59715 555 Locate
cemA gene + 60375 61064 690 Locate
petA gene + 61279 62241 963 Locate
psbJ gene − 63297 63419 123 Locate
psbL gene − 63554 63670 117 Locate
psbF gene − 63694 63813 120 Locate
psbE gene − 63828 64079 252 Locate
petL gene + 64913 65008 96 Locate
petG gene + 65187 65300 114 Locate
trnW-CCA gene − 65415 65488 74 Locate
trnP-UGG gene − 65663 65736 74 Locate
psaJ gene + 65985 66158 174 Locate
rpl33 gene + 66608 66808 201 Locate
rps18 gene + 66979 67284 306 Locate
rpl20 gene − 67519 67905 387 Locate
rps12 gene − 68703 68816 114 Locate
clpP gene − 68941 70834 1894 Locate
psbB gene + 71276 72802 1527 Locate
psbT gene + 72989 73096 108 Locate
psbN gene − 73157 73288 132 Locate
psbH gene + 73394 73615 222 Locate
petB gene + 73741 75101 1361 Locate
petD gene + 75294 76496 1203 Locate
rpoA gene − 76673 77680 1008 Locate
rps11 gene − 77752 78156 405 Locate
rpl36 gene − 78283 78396 114 Locate
infA gene − 78492 78725 234 Locate
rps8 gene − 78852 79265 414 Locate
rpl14 gene − 79457 79825 369 Locate
rpl16 gene − 79962 81236 1275 Locate
rps3 gene − 81372 82034 663 Locate
rpl22 gene − 82019 82486 468 Locate
rps19 gene − 82563 82844 282 Locate
rpl2 gene − 82904 84381 1478 Locate
rpl23 gene − 84400 84681 282 Locate
trnI-CAU gene − 84847 84920 74 Locate
ycf2 gene + 85009 91887 6879 Locate
ycf15 gene + 91978 92226 249 Locate
trnL-CAA gene − 92487 92567 81 Locate
ndhB gene − 93128 95281 2154 Locate
rps7 gene − 95610 96077 468 Locate
rps12 gene − 96131 96914 784 Locate
trnV-GAC gene + 98552 98623 72 Locate
rrn16 gene + 98850 100340 1491 Locate
trnI-GAU gene + 100633 101651 1019 Locate
trnA-UGC gene + 101716 102592 877 Locate
rrn23 gene + 102778 105586 2809 Locate
rrn4.5 gene + 105687 105789 103 Locate
rrn5 gene + 106045 106165 121 Locate
trnR-ACG gene + 106409 106482 74 Locate
trnN-GUU gene − 107002 107073 72 Locate
ycf1 gene + 107292 108161 870 Locate
ndhF gene − 108130 110370 2241 Locate
rpl32 gene + 110802 110972 171 Locate
trnL-UAG gene + 111685 111764 80 Locate
ccsA gene + 111867 112844 978 Locate
ndhD gene − 113065 114546 1482 Locate
psaC gene − 114707 114952 246 Locate
ndhE gene − 115203 115505 303 Locate
ndhG gene − 115729 116259 531 Locate
ndhI gene − 116641 117147 507 Locate
ndhA gene − 117229 119318 2090 Locate
ndhH gene − 119320 120531 1212 Locate
rps15 gene − 120601 120873 273 Locate
ycf1 gene − 121320 126980 5661 Locate
trnN-GUU gene + 127199 127270 72 Locate
trnR-ACG gene − 127790 127863 74 Locate
rrn5 gene − 128107 128227 121 Locate
rrn4.5 gene − 128483 128585 103 Locate
rrn23 gene − 128686 131494 2809 Locate
trnA-UGC gene − 131680 132556 877 Locate
trnI-GAU gene − 132621 133639 1019 Locate
rrn16 gene − 133932 135422 1491 Locate
trnV-GAC gene − 135649 135720 72 Locate
rps12 gene + 137358 138141 784 Locate
rps7 gene + 138195 138662 468 Locate
ndhB gene + 138991 141144 2154 Locate
trnL-CAA gene + 141705 141785 81 Locate
ycf15 gene − 142046 142294 249 Locate
ycf2 gene − 142385 149263 6879 Locate
trnI-CAU gene + 149352 149425 74 Locate
rpl23 gene + 149591 149872 282 Locate
rpl2 gene + 149891 151368 1478 Locate
rps19 gene + 151428 151469 42 Locate
Status Available
Accession MW752201.1
Length 151,470 bp
GC content 38.0%
Annotated genes 134
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 27 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources