Scutellaria axilliflora var. medullifera chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ075902.1 · 3–76 bp · −
psbA · PQ075902.1 · 365–1,423 bp · −
trnK-UUU · PQ075902.1 · 1,657–4,245 bp · −
matK · PQ075902.1 · 1,952–3,487 bp · −
rps16 · PQ075902.1 · 5,120–6,292 bp · −
trnQ-UUG · PQ075902.1 · 7,331–7,402 bp · −
trnS-GCU · PQ075902.1 · 8,532–8,619 bp · −
atpA · PQ075902.1 · 10,397–11,920 bp · −
atpF · PQ075902.1 · 12,003–13,229 bp · −
atpH · PQ075902.1 · 13,584–13,829 bp · −
atpI · PQ075902.1 · 14,817–15,560 bp · −
rps2 · PQ075902.1 · 15,909–16,619 bp · −
rpoC2 · PQ075902.1 · 16,835–21,040 bp · −
rpoC1 · PQ075902.1 · 21,195–24,023 bp · −
rpoB · PQ075902.1 · 24,050–27,262 bp · −
psbM · PQ075902.1 · 30,328–30,432 bp · −
trnD-GUC · PQ075902.1 · 30,959–31,032 bp · −
trnY-GUA · PQ075902.1 · 31,146–31,229 bp · −
trnE-UUC · PQ075902.1 · 31,289–31,361 bp · −
trnS-UGA · PQ075902.1 · 35,981–36,072 bp · −
trnfM-CAU · PQ075902.1 · 37,077–37,150 bp · −
rps14 · PQ075902.1 · 37,300–37,602 bp · −
psaB · PQ075902.1 · 37,730–39,934 bp · −
psaA · PQ075902.1 · 39,960–42,212 bp · −
ycf3 · PQ075902.1 · 42,882–44,805 bp · −
rps4 · PQ075902.1 · 46,062–46,667 bp · −
trnT-UGU · PQ075902.1 · 46,997–47,069 bp · −
ndhJ · PQ075902.1 · 49,344–49,820 bp · −
ndhK · PQ075902.1 · 49,928–50,605 bp · −
ndhC · PQ075902.1 · 50,658–51,020 bp · −
trnV-UAC · PQ075902.1 · 51,876–52,528 bp · −
atpE · PQ075902.1 · 52,997–53,398 bp · −
atpB · PQ075902.1 · 53,395–54,882 bp · −
psbJ · PQ075902.1 · 64,484–64,606 bp · −
psbL · PQ075902.1 · 64,740–64,856 bp · −
psbF · PQ075902.1 · 64,880–64,999 bp · −
psbE · PQ075902.1 · 65,014–65,265 bp · −
trnW-CCA · PQ075902.1 · 66,677–66,750 bp · −
trnP-UGG · PQ075902.1 · 66,920–66,993 bp · −
rpl20 · PQ075902.1 · 68,792–69,178 bp · −
rps12 · PQ075902.1 · 69,979–70,092 bp · −
rps12 · PQ075902.1 · 97,346–98,136 bp · −
clpP · PQ075902.1 · 70,235–72,168 bp · −
psbN · PQ075902.1 · 74,539–74,670 bp · −
rpoA · PQ075902.1 · 78,053–79,066 bp · −
rps11 · PQ075902.1 · 79,138–79,554 bp · −
rpl36 · PQ075902.1 · 79,656–79,769 bp · −
infA · PQ075902.1 · 79,865–80,098 bp · −
rps8 · PQ075902.1 · 80,218–80,643 bp · −
rpl14 · PQ075902.1 · 80,813–81,181 bp · −
rpl16 · PQ075902.1 · 81,308–82,541 bp · −
rps3 · PQ075902.1 · 82,696–83,358 bp · −
rpl22 · PQ075902.1 · 83,360–83,815 bp · −
rps19 · PQ075902.1 · 83,875–84,153 bp · −
rpl2 · PQ075902.1 · 84,208–85,690 bp · −
rpl23 · PQ075902.1 · 85,709–85,990 bp · −
trnI-CAU · PQ075902.1 · 86,150–86,223 bp · −
trnL-CAA · PQ075902.1 · 93,716–93,796 bp · −
ndhB · PQ075902.1 · 94,339–96,496 bp · −
rps7 · PQ075902.1 · 96,825–97,292 bp · −
trnN-GUU · PQ075902.1 · 108,177–108,248 bp · −
ndhF · PQ075902.1 · 109,325–111,565 bp · −
ndhD · PQ075902.1 · 114,089–115,591 bp · −
psaC · PQ075902.1 · 115,711–115,956 bp · −
ndhE · PQ075902.1 · 116,213–116,518 bp · −
ndhG · PQ075902.1 · 116,749–117,279 bp · −
ndhI · PQ075902.1 · 117,644–118,144 bp · −
ndhA · PQ075902.1 · 118,225–120,317 bp · −
ndhH · PQ075902.1 · 120,319–121,500 bp · −
rps15 · PQ075902.1 · 121,603–121,875 bp · −
ycf1 · PQ075902.1 · 122,142–127,787 bp · −
trnR-ACG · PQ075902.1 · 128,624–128,697 bp · −
rrn5 · PQ075902.1 · 128,932–129,052 bp · −
rrn4.5 · PQ075902.1 · 129,300–129,402 bp · −
rrn23 · PQ075902.1 · 129,501–132,313 bp · −
trnA-UGC · PQ075902.1 · 132,483–133,367 bp · −
trnI-GAU · PQ075902.1 · 133,432–134,452 bp · −
ycf68 · PQ075902.1 · 134,058–134,297 bp · −
rrn16 · PQ075902.1 · 134,751–136,241 bp · −
trnV-GAC · PQ075902.1 · 136,469–136,540 bp · −
ycf15 · PQ075902.1 · 142,794–142,991 bp · −
ycf2 · PQ075902.1 · 143,133–149,942 bp · −
psbK · PQ075902.1 · 7,727–7,912 bp · +
psbI · PQ075902.1 · 8,304–8,414 bp · +
trnG-UCC · PQ075902.1 · 9,299–10,059 bp · +
trnR-UCU · PQ075902.1 · 10,230–10,301 bp · +
trnC-GCA · PQ075902.1 · 28,424–28,494 bp · +
petN · PQ075902.1 · 29,207–29,296 bp · +
trnT-GGU · PQ075902.1 · 31,937–32,008 bp · +
psbD · PQ075902.1 · 33,315–34,376 bp · +
psbC · PQ075902.1 · 34,324–35,745 bp · +
psbZ · PQ075902.1 · 36,392–36,580 bp · +
trnG-GCC · PQ075902.1 · 36,852–36,922 bp · +
trnS-GGA · PQ075902.1 · 45,690–45,776 bp · +
trnL-UAA · PQ075902.1 · 47,755–48,316 bp · +
trnF-GAA · PQ075902.1 · 48,623–48,695 bp · +
trnM-CAU · PQ075902.1 · 52,709–52,781 bp · +
rbcL · PQ075902.1 · 55,632–57,095 bp · +
accD · PQ075902.1 · 57,822–59,288 bp · +
psaI · PQ075902.1 · 59,846–59,956 bp · +
ycf4 · PQ075902.1 · 60,390–60,944 bp · +
cemA · PQ075902.1 · 61,682–62,281 bp · +
petA · PQ075902.1 · 62,488–63,450 bp · +
petL · PQ075902.1 · 66,174–66,269 bp · +
petG · PQ075902.1 · 66,445–66,558 bp · +
psaJ · PQ075902.1 · 67,266–67,400 bp · +
rpl33 · PQ075902.1 · 67,874–68,074 bp · +
rps18 · PQ075902.1 · 68,250–68,555 bp · +
rps12 · PQ075902.1 · 138,118–138,908 bp · +
psbB · PQ075902.1 · 72,646–74,172 bp · +
psbT · PQ075902.1 · 74,364–74,465 bp · +
psbH · PQ075902.1 · 74,774–74,995 bp · +
petB · PQ075902.1 · 75,120–76,487 bp · +
petD · PQ075902.1 · 76,676–77,877 bp · +
ycf2 · PQ075902.1 · 86,312–93,121 bp · +
ycf15 · PQ075902.1 · 93,263–93,460 bp · +
trnV-GAC · PQ075902.1 · 99,714–99,785 bp · +
rrn16 · PQ075902.1 · 100,013–101,503 bp · +
trnI-GAU · PQ075902.1 · 101,802–102,822 bp · +
trnA-UGC · PQ075902.1 · 102,887–103,771 bp · +
rrn23 · PQ075902.1 · 103,941–106,753 bp · +
rrn4.5 · PQ075902.1 · 106,852–106,954 bp · +
rrn5 · PQ075902.1 · 107,202–107,322 bp · +
trnR-ACG · PQ075902.1 · 107,557–107,630 bp · +
rpl32 · PQ075902.1 · 112,086–112,262 bp · +
trnL-UAG · PQ075902.1 · 112,706–112,785 bp · +
ccsA · PQ075902.1 · 112,882–113,856 bp · +
trnN-GUU · PQ075902.1 · 128,006–128,077 bp · +
rps7 · PQ075902.1 · 138,962–139,429 bp · +
ndhB · PQ075902.1 · 139,758–141,915 bp · +
trnL-CAA · PQ075902.1 · 142,458–142,538 bp · +
trnI-CAU · PQ075902.1 · 150,031–150,104 bp · +
rpl23 · PQ075902.1 · 150,264–150,545 bp · +
rpl2 · PQ075902.1 · 150,564–152,046 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria axilliflora var. medullifera
ANNOTATED PLASTOME
PQ075902.1
152,141 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 38035 76070 114106 152141 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 3 76 74 Locate
psbA gene − 365 1423 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1657 4245 2589 Locate
matK gene − 1952 3487 1536 Locate
rps16 gene − 5120 6292 1173 Locate
trnQ-UUG gene − 7331 7402 72 Locate
psbK gene + 7727 7912 186 Locate
psbI gene + 8304 8414 111 Locate
trnS-GCU gene − 8532 8619 88 Locate
trnG-UCC gene + 9299 10059 761 Locate
trnR-UCU gene + 10230 10301 72 Locate
atpA gene − 10397 11920 1524 Locate
atpF gene − 12003 13229 1227 Locate
atpH gene − 13584 13829 246 Locate
atpI gene − 14817 15560 744 Locate
rps2 gene − 15909 16619 711 Locate
rpoC2 gene − 16835 21040 4206 Locate
rpoC1 gene − 21195 24023 2829 Locate
rpoB gene − 24050 27262 3213 Locate
trnC-GCA gene + 28424 28494 71 Locate
petN gene + 29207 29296 90 Locate
psbM gene − 30328 30432 105 Locate
trnD-GUC gene − 30959 31032 74 Locate
trnY-GUA gene − 31146 31229 84 Locate
trnE-UUC gene − 31289 31361 73 Locate
trnT-GGU gene + 31937 32008 72 Locate
psbD gene + 33315 34376 1062 Locate
psbC gene + 34324 35745 1422 Locate
trnS-UGA gene − 35981 36072 92 Locate
psbZ gene + 36392 36580 189 Locate
trnG-GCC gene + 36852 36922 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37077 37150 74 Locate
rps14 gene − 37300 37602 303 Locate
psaB gene − 37730 39934 2205 Locate
psaA gene − 39960 42212 2253 Locate
ycf3 gene − 42882 44805 1924 Locate
trnS-GGA gene + 45690 45776 87 Locate
rps4 gene − 46062 46667 606 Locate
trnT-UGU gene − 46997 47069 73 Locate
trnL-UAA gene + 47755 48316 562 Locate
trnF-GAA gene + 48623 48695 73 Locate
ndhJ gene − 49344 49820 477 Locate
ndhK gene − 49928 50605 678 Locate
ndhC gene − 50658 51020 363 Locate
trnV-UAC gene − 51876 52528 653 Locate
trnM-CAU gene + 52709 52781 73 Locate
atpE gene − 52997 53398 402 Locate
atpB gene − 53395 54882 1488 Locate
rbcL gene + 55632 57095 1464 Locate
accD gene + 57822 59288 1467 Locate
psaI gene + 59846 59956 111 Locate
ycf4 gene + 60390 60944 555 Locate
cemA gene + 61682 62281 600 Locate
petA gene + 62488 63450 963 Locate
psbJ gene − 64484 64606 123 Locate
psbL gene − 64740 64856 117 Locate
psbF gene − 64880 64999 120 Locate
psbE gene − 65014 65265 252 Locate
petL gene + 66174 66269 96 Locate
petG gene + 66445 66558 114 Locate
trnW-CCA gene − 66677 66750 74 Locate
trnP-UGG gene − 66920 66993 74 Locate
psaJ gene + 67266 67400 135 Locate
rpl33 gene + 67874 68074 201 Locate
rps18 gene + 68250 68555 306 Locate
rpl20 gene − 68792 69178 387 Locate
rps12 gene − 69979 70092 114 Locate
clpP gene − 70235 72168 1934 Locate
psbB gene + 72646 74172 1527 Locate
psbT gene + 74364 74465 102 Locate
psbN gene − 74539 74670 132 Locate
psbH gene + 74774 74995 222 Locate
petB gene + 75120 76487 1368 Locate
petD gene + 76676 77877 1202 Locate
rpoA gene − 78053 79066 1014 Locate
rps11 gene − 79138 79554 417 Locate
rpl36 gene − 79656 79769 114 Locate
infA gene − 79865 80098 234 Locate
rps8 gene − 80218 80643 426 Locate
rpl14 gene − 80813 81181 369 Locate
rpl16 gene − 81308 82541 1234 Locate
rps3 gene − 82696 83358 663 Locate
rpl22 gene − 83360 83815 456 Locate
rps19 gene − 83875 84153 279 Locate
rpl2 gene − 84208 85690 1483 Locate
rpl23 gene − 85709 85990 282 Locate
trnI-CAU gene − 86150 86223 74 Locate
ycf2 gene + 86312 93121 6810 Locate
ycf15 gene + 93263 93460 198 Locate
trnL-CAA gene − 93716 93796 81 Locate
ndhB gene − 94339 96496 2158 Locate
rps7 gene − 96825 97292 468 Locate
rps12 gene − 97346 98136 791 Locate
trnV-GAC gene + 99714 99785 72 Locate
rrn16 gene + 100013 101503 1491 Locate
trnI-GAU gene + 101802 102822 1021 Locate
trnA-UGC gene + 102887 103771 885 Locate
rrn23 gene + 103941 106753 2813 Locate
rrn4.5 gene + 106852 106954 103 Locate
rrn5 gene + 107202 107322 121 Locate
trnR-ACG gene + 107557 107630 74 Locate
trnN-GUU gene − 108177 108248 72 Locate
ndhF gene − 109325 111565 2241 Locate
rpl32 gene + 112086 112262 177 Locate
trnL-UAG gene + 112706 112785 80 Locate
ccsA gene + 112882 113856 975 Locate
ndhD gene − 114089 115591 1503 Locate
psaC gene − 115711 115956 246 Locate
ndhE gene − 116213 116518 306 Locate
ndhG gene − 116749 117279 531 Locate
ndhI gene − 117644 118144 501 Locate
ndhA gene − 118225 120317 2093 Locate
ndhH gene − 120319 121500 1182 Locate
rps15 gene − 121603 121875 273 Locate
ycf1 gene − 122142 127787 5646 Locate
trnN-GUU gene + 128006 128077 72 Locate
trnR-ACG gene − 128624 128697 74 Locate
rrn5 gene − 128932 129052 121 Locate
rrn4.5 gene − 129300 129402 103 Locate
rrn23 gene − 129501 132313 2813 Locate
trnA-UGC gene − 132483 133367 885 Locate
trnI-GAU gene − 133432 134452 1021 Locate
ycf68 gene − 134058 134297 240 Locate
rrn16 gene − 134751 136241 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136469 136540 72 Locate
rps12 gene + 138118 138908 791 Locate
rps7 gene + 138962 139429 468 Locate
ndhB gene + 139758 141915 2158 Locate
trnL-CAA gene + 142458 142538 81 Locate
ycf15 gene − 142794 142991 198 Locate
ycf2 gene − 143133 149942 6810 Locate
trnI-CAU gene + 150031 150104 74 Locate
rpl23 gene + 150264 150545 282 Locate
rpl2 gene + 150564 152046 1483 Locate
Status Available
Accession PQ075902.1
Length 152,141 bp
GC content 38.3%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources