Scutellaria cordifrons chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ058242.1 · 5–78 bp · −
psbA · PQ058242.1 · 389–1,447 bp · −
trnK-UUU · PQ058242.1 · 1,681–4,265 bp · −
matK · PQ058242.1 · 1,971–3,497 bp · −
rps16 · PQ058242.1 · 5,165–6,322 bp · −
trnQ-UUG · PQ058242.1 · 7,453–7,524 bp · −
trnS-GCU · PQ058242.1 · 8,653–8,740 bp · −
atpA · PQ058242.1 · 10,537–12,060 bp · −
atpF · PQ058242.1 · 12,141–13,371 bp · −
atpH · PQ058242.1 · 13,732–13,977 bp · −
atpI · PQ058242.1 · 14,966–15,709 bp · −
rps2 · PQ058242.1 · 16,055–16,765 bp · −
rpoC2 · PQ058242.1 · 16,981–21,186 bp · −
rpoC1 · PQ058242.1 · 21,341–24,168 bp · −
rpoB · PQ058242.1 · 24,195–27,407 bp · −
psbM · PQ058242.1 · 30,471–30,575 bp · −
trnD-GUC · PQ058242.1 · 31,101–31,174 bp · −
trnY-GUA · PQ058242.1 · 31,288–31,371 bp · −
trnE-UUC · PQ058242.1 · 31,431–31,503 bp · −
trnS-UGA · PQ058242.1 · 36,122–36,213 bp · −
trnfM-CAU · PQ058242.1 · 37,211–37,284 bp · −
rps14 · PQ058242.1 · 37,439–37,741 bp · −
psaB · PQ058242.1 · 37,870–40,074 bp · −
psaA · PQ058242.1 · 40,100–42,352 bp · −
ycf3 · PQ058242.1 · 43,052–44,973 bp · −
rps4 · PQ058242.1 · 46,218–46,823 bp · −
trnT-UGU · PQ058242.1 · 47,170–47,242 bp · −
ndhJ · PQ058242.1 · 49,504–49,980 bp · −
ndhK · PQ058242.1 · 50,089–50,766 bp · −
ndhC · PQ058242.1 · 50,820–51,182 bp · −
trnV-UAC · PQ058242.1 · 52,167–52,819 bp · −
atpE · PQ058242.1 · 53,284–53,685 bp · −
atpB · PQ058242.1 · 53,682–55,178 bp · −
psbJ · PQ058242.1 · 64,917–65,039 bp · −
psbL · PQ058242.1 · 65,173–65,394 bp · −
psbF · PQ058242.1 · 65,313–65,432 bp · −
psbE · PQ058242.1 · 65,447–65,698 bp · −
trnW-CCA · PQ058242.1 · 67,080–67,153 bp · −
trnP-UGG · PQ058242.1 · 67,323–67,396 bp · −
rpl20 · PQ058242.1 · 69,200–69,586 bp · −
rps12 · PQ058242.1 · 70,381–70,494 bp · −
rps12 · PQ058242.1 · 97,655–98,445 bp · −
clpP · PQ058242.1 · 70,636–72,565 bp · −
psbN · PQ058242.1 · 74,909–75,040 bp · −
rpoA · PQ058242.1 · 78,603–79,403 bp · −
rps11 · PQ058242.1 · 79,475–79,891 bp · −
rpl36 · PQ058242.1 · 79,993–80,106 bp · −
infA · PQ058242.1 · 80,201–80,434 bp · −
rps8 · PQ058242.1 · 80,557–80,967 bp · −
rpl14 · PQ058242.1 · 81,119–81,487 bp · −
rpl16 · PQ058242.1 · 81,614–82,847 bp · −
rps3 · PQ058242.1 · 83,002–83,664 bp · −
rpl22 · PQ058242.1 · 83,666–84,121 bp · −
rps19 · PQ058242.1 · 84,181–84,459 bp · −
rpl2 · PQ058242.1 · 84,514–85,995 bp · −
rpl23 · PQ058242.1 · 86,014–86,295 bp · −
trnI-CAU · PQ058242.1 · 86,455–86,528 bp · −
trnL-CAA · PQ058242.1 · 94,025–94,105 bp · −
ndhB · PQ058242.1 · 94,648–96,859 bp · −
rps7 · PQ058242.1 · 97,134–97,601 bp · −
trnN-GUU · PQ058242.1 · 108,484–108,555 bp · −
ndhF · PQ058242.1 · 109,612–111,873 bp · −
ndhD · PQ058242.1 · 114,235–115,737 bp · −
psaC · PQ058242.1 · 115,865–116,110 bp · −
ndhE · PQ058242.1 · 116,366–116,671 bp · −
ndhG · PQ058242.1 · 116,888–117,418 bp · −
ndhI · PQ058242.1 · 117,785–118,285 bp · −
ndhA · PQ058242.1 · 118,366–120,487 bp · −
ndhH · PQ058242.1 · 120,489–121,700 bp · −
rps15 · PQ058242.1 · 121,750–122,022 bp · −
ycf1 · PQ058242.1 · 122,216–127,852 bp · −
trnR-ACG · PQ058242.1 · 128,690–128,763 bp · −
rrn5 · PQ058242.1 · 128,998–129,118 bp · −
rrn4.5 · PQ058242.1 · 129,366–129,468 bp · −
rrn23 · PQ058242.1 · 129,567–132,378 bp · −
trnA-UGC · PQ058242.1 · 132,548–133,438 bp · −
trnI-GAU · PQ058242.1 · 133,503–134,522 bp · −
ycf68 · PQ058242.1 · 134,074–134,367 bp · −
rrn16 · PQ058242.1 · 134,821–136,311 bp · −
trnV-GAC · PQ058242.1 · 136,538–136,609 bp · −
ycf15 · PQ058242.1 · 142,861–143,109 bp · −
ycf2 · PQ058242.1 · 143,200–150,009 bp · −
psbK · PQ058242.1 · 7,849–8,034 bp · +
psbI · PQ058242.1 · 8,423–8,533 bp · +
trnG-UCC · PQ058242.1 · 9,438–10,194 bp · +
trnR-UCU · PQ058242.1 · 10,369–10,440 bp · +
trnC-GCA · PQ058242.1 · 28,568–28,638 bp · +
petN · PQ058242.1 · 29,355–29,444 bp · +
trnT-GGU · PQ058242.1 · 32,079–32,150 bp · +
psbD · PQ058242.1 · 33,455–34,516 bp · +
psbC · PQ058242.1 · 34,464–35,885 bp · +
psbZ · PQ058242.1 · 36,529–36,717 bp · +
trnG-GCC · PQ058242.1 · 36,995–37,065 bp · +
trnS-GGA · PQ058242.1 · 45,856–45,942 bp · +
trnL-UAA · PQ058242.1 · 47,920–48,479 bp · +
trnF-GAA · PQ058242.1 · 48,784–48,856 bp · +
trnM-CAU · PQ058242.1 · 53,008–53,080 bp · +
rbcL · PQ058242.1 · 55,930–57,393 bp · +
accD · PQ058242.1 · 58,119–59,597 bp · +
psaI · PQ058242.1 · 60,304–60,414 bp · +
ycf4 · PQ058242.1 · 60,840–61,394 bp · +
cemA · PQ058242.1 · 62,143–62,742 bp · +
petA · PQ058242.1 · 62,949–63,911 bp · +
petL · PQ058242.1 · 66,577–66,672 bp · +
petG · PQ058242.1 · 66,848–66,961 bp · +
psaJ · PQ058242.1 · 67,666–67,800 bp · +
rpl33 · PQ058242.1 · 68,285–68,485 bp · +
rps18 · PQ058242.1 · 68,660–68,965 bp · +
rps12 · PQ058242.1 · 138,181–138,971 bp · +
psbB · PQ058242.1 · 73,024–74,550 bp · +
psbT · PQ058242.1 · 74,741–74,848 bp · +
psbH · PQ058242.1 · 75,144–75,365 bp · +
petB · PQ058242.1 · 75,490–76,860 bp · +
petD · PQ058242.1 · 77,043–78,248 bp · +
ycf2 · PQ058242.1 · 86,617–93,426 bp · +
ycf15 · PQ058242.1 · 93,517–93,765 bp · +
trnV-GAC · PQ058242.1 · 100,017–100,088 bp · +
rrn16 · PQ058242.1 · 100,315–101,805 bp · +
trnI-GAU · PQ058242.1 · 102,104–103,123 bp · +
trnA-UGC · PQ058242.1 · 103,188–104,078 bp · +
rrn23 · PQ058242.1 · 104,248–107,059 bp · +
rrn4.5 · PQ058242.1 · 107,158–107,260 bp · +
rrn5 · PQ058242.1 · 107,508–107,628 bp · +
trnR-ACG · PQ058242.1 · 107,863–107,936 bp · +
rpl32 · PQ058242.1 · 112,201–112,377 bp · +
trnL-UAG · PQ058242.1 · 112,824–112,903 bp · +
ccsA · PQ058242.1 · 113,004–113,978 bp · +
trnN-GUU · PQ058242.1 · 128,071–128,142 bp · +
rps7 · PQ058242.1 · 139,025–139,492 bp · +
ndhB · PQ058242.1 · 139,767–141,978 bp · +
trnL-CAA · PQ058242.1 · 142,521–142,601 bp · +
trnI-CAU · PQ058242.1 · 150,098–150,171 bp · +
rpl23 · PQ058242.1 · 150,331–150,612 bp · +
rpl2 · PQ058242.1 · 150,631–152,112 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria cordifrons
ANNOTATED PLASTOME
PQ058242.1
152,207 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 38052 76104 114155 152207 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 5 78 74 Locate
psbA gene − 389 1447 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1681 4265 2585 Locate
matK gene − 1971 3497 1527 Locate
rps16 gene − 5165 6322 1158 Locate
trnQ-UUG gene − 7453 7524 72 Locate
psbK gene + 7849 8034 186 Locate
psbI gene + 8423 8533 111 Locate
trnS-GCU gene − 8653 8740 88 Locate
trnG-UCC gene + 9438 10194 757 Locate
trnR-UCU gene + 10369 10440 72 Locate
atpA gene − 10537 12060 1524 Locate
atpF gene − 12141 13371 1231 Locate
atpH gene − 13732 13977 246 Locate
atpI gene − 14966 15709 744 Locate
rps2 gene − 16055 16765 711 Locate
rpoC2 gene − 16981 21186 4206 Locate
rpoC1 gene − 21341 24168 2828 Locate
rpoB gene − 24195 27407 3213 Locate
trnC-GCA gene + 28568 28638 71 Locate
petN gene + 29355 29444 90 Locate
psbM gene − 30471 30575 105 Locate
trnD-GUC gene − 31101 31174 74 Locate
trnY-GUA gene − 31288 31371 84 Locate
trnE-UUC gene − 31431 31503 73 Locate
trnT-GGU gene + 32079 32150 72 Locate
psbD gene + 33455 34516 1062 Locate
psbC gene + 34464 35885 1422 Locate
trnS-UGA gene − 36122 36213 92 Locate
psbZ gene + 36529 36717 189 Locate
trnG-GCC gene + 36995 37065 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37211 37284 74 Locate
rps14 gene − 37439 37741 303 Locate
psaB gene − 37870 40074 2205 Locate
psaA gene − 40100 42352 2253 Locate
ycf3 gene − 43052 44973 1922 Locate
trnS-GGA gene + 45856 45942 87 Locate
rps4 gene − 46218 46823 606 Locate
trnT-UGU gene − 47170 47242 73 Locate
trnL-UAA gene + 47920 48479 560 Locate
trnF-GAA gene + 48784 48856 73 Locate
ndhJ gene − 49504 49980 477 Locate
ndhK gene − 50089 50766 678 Locate
ndhC gene − 50820 51182 363 Locate
trnV-UAC gene − 52167 52819 653 Locate
trnM-CAU gene + 53008 53080 73 Locate
atpE gene − 53284 53685 402 Locate
atpB gene − 53682 55178 1497 Locate
rbcL gene + 55930 57393 1464 Locate
accD gene + 58119 59597 1479 Locate
psaI gene + 60304 60414 111 Locate
ycf4 gene + 60840 61394 555 Locate
cemA gene + 62143 62742 600 Locate
petA gene + 62949 63911 963 Locate
psbJ gene − 64917 65039 123 Locate
psbL gene − 65173 65394 222 Locate
psbF gene − 65313 65432 120 Locate
psbE gene − 65447 65698 252 Locate
petL gene + 66577 66672 96 Locate
petG gene + 66848 66961 114 Locate
trnW-CCA gene − 67080 67153 74 Locate
trnP-UGG gene − 67323 67396 74 Locate
psaJ gene + 67666 67800 135 Locate
rpl33 gene + 68285 68485 201 Locate
rps18 gene + 68660 68965 306 Locate
rpl20 gene − 69200 69586 387 Locate
rps12 gene − 70381 70494 114 Locate
clpP gene − 70636 72565 1930 Locate
psbB gene + 73024 74550 1527 Locate
psbT gene + 74741 74848 108 Locate
psbN gene − 74909 75040 132 Locate
psbH gene + 75144 75365 222 Locate
petB gene + 75490 76860 1371 Locate
petD gene + 77043 78248 1206 Locate
rpoA gene − 78603 79403 801 Locate
rps11 gene − 79475 79891 417 Locate
rpl36 gene − 79993 80106 114 Locate
infA gene − 80201 80434 234 Locate
rps8 gene − 80557 80967 411 Locate
rpl14 gene − 81119 81487 369 Locate
rpl16 gene − 81614 82847 1234 Locate
rps3 gene − 83002 83664 663 Locate
rpl22 gene − 83666 84121 456 Locate
rps19 gene − 84181 84459 279 Locate
rpl2 gene − 84514 85995 1482 Locate
rpl23 gene − 86014 86295 282 Locate
trnI-CAU gene − 86455 86528 74 Locate
ycf2 gene + 86617 93426 6810 Locate
ycf15 gene + 93517 93765 249 Locate
trnL-CAA gene − 94025 94105 81 Locate
ndhB gene − 94648 96859 2212 Locate
rps7 gene − 97134 97601 468 Locate
rps12 gene − 97655 98445 791 Locate
trnV-GAC gene + 100017 100088 72 Locate
rrn16 gene + 100315 101805 1491 Locate
trnI-GAU gene + 102104 103123 1020 Locate
trnA-UGC gene + 103188 104078 891 Locate
rrn23 gene + 104248 107059 2812 Locate
rrn4.5 gene + 107158 107260 103 Locate
rrn5 gene + 107508 107628 121 Locate
trnR-ACG gene + 107863 107936 74 Locate
trnN-GUU gene − 108484 108555 72 Locate
ndhF gene − 109612 111873 2262 Locate
rpl32 gene + 112201 112377 177 Locate
trnL-UAG gene + 112824 112903 80 Locate
ccsA gene + 113004 113978 975 Locate
ndhD gene − 114235 115737 1503 Locate
psaC gene − 115865 116110 246 Locate
ndhE gene − 116366 116671 306 Locate
ndhG gene − 116888 117418 531 Locate
ndhI gene − 117785 118285 501 Locate
ndhA gene − 118366 120487 2122 Locate
ndhH gene − 120489 121700 1212 Locate
rps15 gene − 121750 122022 273 Locate
ycf1 gene − 122216 127852 5637 Locate
trnN-GUU gene + 128071 128142 72 Locate
trnR-ACG gene − 128690 128763 74 Locate
rrn5 gene − 128998 129118 121 Locate
rrn4.5 gene − 129366 129468 103 Locate
rrn23 gene − 129567 132378 2812 Locate
trnA-UGC gene − 132548 133438 891 Locate
trnI-GAU gene − 133503 134522 1020 Locate
ycf68 gene − 134074 134367 294 Locate
rrn16 gene − 134821 136311 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136538 136609 72 Locate
rps12 gene + 138181 138971 791 Locate
rps7 gene + 139025 139492 468 Locate
ndhB gene + 139767 141978 2212 Locate
trnL-CAA gene + 142521 142601 81 Locate
ycf15 gene − 142861 143109 249 Locate
ycf2 gene − 143200 150009 6810 Locate
trnI-CAU gene + 150098 150171 74 Locate
rpl23 gene + 150331 150612 282 Locate
rpl2 gene + 150631 152112 1482 Locate
Status Available
Accession PQ058242.1
Length 152,207 bp
GC content 38.3%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources