Scutellaria eplingii chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ058279.1 · 1–74 bp · −
psbA · PQ058279.1 · 282–1,340 bp · −
trnK-UUU · PQ058279.1 · 1,573–4,155 bp · −
matK · PQ058279.1 · 1,868–3,406 bp · −
rps16 · PQ058279.1 · 5,042–6,215 bp · −
trnQ-UUG · PQ058279.1 · 7,294–7,365 bp · −
trnS-GCU · PQ058279.1 · 8,498–8,585 bp · −
atpA · PQ058279.1 · 10,385–11,908 bp · −
atpF · PQ058279.1 · 12,000–13,228 bp · −
atpH · PQ058279.1 · 13,598–13,843 bp · −
atpI · PQ058279.1 · 14,829–15,572 bp · −
rps2 · PQ058279.1 · 15,921–16,631 bp · −
rpoC2 · PQ058279.1 · 16,848–21,053 bp · −
rpoC1 · PQ058279.1 · 21,208–24,034 bp · −
rpoB · PQ058279.1 · 24,061–27,273 bp · −
psbM · PQ058279.1 · 30,311–30,415 bp · −
trnD-GUC · PQ058279.1 · 30,942–31,015 bp · −
trnY-GUA · PQ058279.1 · 31,129–31,212 bp · −
trnE-UUC · PQ058279.1 · 31,272–31,344 bp · −
trnS-UGA · PQ058279.1 · 35,977–36,068 bp · −
trnfM-CAU · PQ058279.1 · 37,053–37,126 bp · −
rps14 · PQ058279.1 · 37,271–37,573 bp · −
psaB · PQ058279.1 · 37,701–39,905 bp · −
psaA · PQ058279.1 · 39,931–42,183 bp · −
ycf3 · PQ058279.1 · 42,886–44,807 bp · −
rps4 · PQ058279.1 · 46,068–46,673 bp · −
trnT-UGU · PQ058279.1 · 47,007–47,079 bp · −
ndhJ · PQ058279.1 · 49,363–49,839 bp · −
ndhK · PQ058279.1 · 49,947–50,624 bp · −
ndhC · PQ058279.1 · 50,677–51,039 bp · −
trnV-UAC · PQ058279.1 · 51,493–52,146 bp · −
atpE · PQ058279.1 · 52,608–53,009 bp · −
atpB · PQ058279.1 · 53,006–54,502 bp · −
psbJ · PQ058279.1 · 64,267–64,389 bp · −
psbL · PQ058279.1 · 64,523–64,639 bp · −
psbF · PQ058279.1 · 64,663–64,782 bp · −
psbE · PQ058279.1 · 64,797–65,048 bp · −
trnW-CCA · PQ058279.1 · 66,456–66,529 bp · −
trnP-UGG · PQ058279.1 · 66,689–66,762 bp · −
rpl20 · PQ058279.1 · 68,555–68,941 bp · −
rps12 · PQ058279.1 · 69,727–69,852 bp · −
rps12 · PQ058279.1 · 97,077–97,867 bp · −
clpP · PQ058279.1 · 69,994–71,939 bp · −
psbN · PQ058279.1 · 74,287–74,418 bp · −
rpoA · PQ058279.1 · 77,789–78,802 bp · −
rps11 · PQ058279.1 · 78,874–79,290 bp · −
rpl36 · PQ058279.1 · 79,393–79,506 bp · −
infA · PQ058279.1 · 79,602–79,835 bp · −
rps8 · PQ058279.1 · 79,956–80,366 bp · −
rpl14 · PQ058279.1 · 80,530–80,898 bp · −
rpl16 · PQ058279.1 · 81,026–82,273 bp · −
rps3 · PQ058279.1 · 82,421–83,083 bp · −
rpl22 · PQ058279.1 · 83,085–83,540 bp · −
rps19 · PQ058279.1 · 83,600–83,878 bp · −
rpl2 · PQ058279.1 · 83,934–85,416 bp · −
rpl23 · PQ058279.1 · 85,435–85,716 bp · −
trnI-CAU · PQ058279.1 · 85,876–85,949 bp · −
trnL-CAA · PQ058279.1 · 93,447–93,527 bp · −
ndhB · PQ058279.1 · 94,070–96,281 bp · −
rps7 · PQ058279.1 · 96,556–97,023 bp · −
trnN-GUU · PQ058279.1 · 107,874–107,945 bp · −
ndhF · PQ058279.1 · 109,028–111,268 bp · −
ndhD · PQ058279.1 · 113,779–115,281 bp · −
psaC · PQ058279.1 · 115,408–115,653 bp · −
ndhE · PQ058279.1 · 115,909–116,214 bp · −
ndhG · PQ058279.1 · 116,432–116,962 bp · −
ndhI · PQ058279.1 · 117,319–117,819 bp · −
ndhA · PQ058279.1 · 117,900–119,987 bp · −
ndhH · PQ058279.1 · 119,989–121,170 bp · −
rps15 · PQ058279.1 · 121,268–121,540 bp · −
ycf1 · PQ058279.1 · 121,811–127,453 bp · −
trnR-ACG · PQ058279.1 · 128,289–128,362 bp · −
rrn5 · PQ058279.1 · 128,597–128,717 bp · −
rrn4.5 · PQ058279.1 · 128,965–129,067 bp · −
rrn23 · PQ058279.1 · 129,166–131,978 bp · −
trnA-UGC · PQ058279.1 · 132,148–133,031 bp · −
trnI-GAU · PQ058279.1 · 133,096–134,115 bp · −
ycf68 · PQ058279.1 · 133,667–133,960 bp · −
rrn16 · PQ058279.1 · 134,406–135,896 bp · −
trnV-GAC · PQ058279.1 · 136,124–136,195 bp · −
ycf15 · PQ058279.1 · 142,431–142,628 bp · −
ycf2 · PQ058279.1 · 142,770–149,579 bp · −
psbK · PQ058279.1 · 7,691–7,876 bp · +
psbI · PQ058279.1 · 8,269–8,379 bp · +
trnG-UCC · PQ058279.1 · 9,296–10,042 bp · +
trnR-UCU · PQ058279.1 · 10,217–10,288 bp · +
trnC-GCA · PQ058279.1 · 28,426–28,496 bp · +
petN · PQ058279.1 · 29,205–29,294 bp · +
trnT-GGU · PQ058279.1 · 31,920–31,991 bp · +
psbD · PQ058279.1 · 33,302–34,363 bp · +
psbC · PQ058279.1 · 34,311–35,732 bp · +
psbZ · PQ058279.1 · 36,388–36,576 bp · +
trnG-GCC · PQ058279.1 · 36,835–36,905 bp · +
trnS-GGA · PQ058279.1 · 45,699–45,785 bp · +
trnL-UAA · PQ058279.1 · 47,762–48,330 bp · +
trnF-GAA · PQ058279.1 · 48,636–48,708 bp · +
trnM-CAU · PQ058279.1 · 52,327–52,399 bp · +
rbcL · PQ058279.1 · 55,248–56,711 bp · +
accD · PQ058279.1 · 57,433–58,920 bp · +
psaI · PQ058279.1 · 59,631–59,741 bp · +
ycf4 · PQ058279.1 · 60,175–60,729 bp · +
cemA · PQ058279.1 · 61,472–62,071 bp · +
petA · PQ058279.1 · 62,278–63,240 bp · +
petL · PQ058279.1 · 65,953–66,048 bp · +
petG · PQ058279.1 · 66,224–66,337 bp · +
psaJ · PQ058279.1 · 67,035–67,169 bp · +
rpl33 · PQ058279.1 · 67,648–67,848 bp · +
rps18 · PQ058279.1 · 68,023–68,328 bp · +
rps12 · PQ058279.1 · 137,750–138,540 bp · +
psbB · PQ058279.1 · 72,409–73,935 bp · +
psbT · PQ058279.1 · 74,119–74,226 bp · +
psbH · PQ058279.1 · 74,522–74,743 bp · +
petB · PQ058279.1 · 74,869–76,236 bp · +
petD · PQ058279.1 · 76,425–77,626 bp · +
ycf2 · PQ058279.1 · 86,038–92,847 bp · +
ycf15 · PQ058279.1 · 92,989–93,186 bp · +
trnV-GAC · PQ058279.1 · 99,422–99,493 bp · +
rrn16 · PQ058279.1 · 99,721–101,211 bp · +
trnI-GAU · PQ058279.1 · 101,502–102,521 bp · +
trnA-UGC · PQ058279.1 · 102,586–103,469 bp · +
rrn23 · PQ058279.1 · 103,639–106,451 bp · +
rrn4.5 · PQ058279.1 · 106,550–106,652 bp · +
rrn5 · PQ058279.1 · 106,900–107,020 bp · +
trnR-ACG · PQ058279.1 · 107,255–107,328 bp · +
rpl32 · PQ058279.1 · 111,789–111,965 bp · +
trnL-UAG · PQ058279.1 · 112,395–112,474 bp · +
ccsA · PQ058279.1 · 112,570–113,544 bp · +
trnN-GUU · PQ058279.1 · 127,672–127,743 bp · +
rps7 · PQ058279.1 · 138,594–139,061 bp · +
ndhB · PQ058279.1 · 139,336–141,547 bp · +
trnL-CAA · PQ058279.1 · 142,090–142,170 bp · +
trnI-CAU · PQ058279.1 · 149,668–149,741 bp · +
rpl23 · PQ058279.1 · 149,901–150,182 bp · +
rpl2 · PQ058279.1 · 150,201–151,683 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria eplingii
ANNOTATED PLASTOME
PQ058279.1
151,780 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37945 75890 113835 151780 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 1 74 74 Locate
psbA gene − 282 1340 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1573 4155 2583 Locate
matK gene − 1868 3406 1539 Locate
rps16 gene − 5042 6215 1174 Locate
trnQ-UUG gene − 7294 7365 72 Locate
psbK gene + 7691 7876 186 Locate
psbI gene + 8269 8379 111 Locate
trnS-GCU gene − 8498 8585 88 Locate
trnG-UCC gene + 9296 10042 747 Locate
trnR-UCU gene + 10217 10288 72 Locate
atpA gene − 10385 11908 1524 Locate
atpF gene − 12000 13228 1229 Locate
atpH gene − 13598 13843 246 Locate
atpI gene − 14829 15572 744 Locate
rps2 gene − 15921 16631 711 Locate
rpoC2 gene − 16848 21053 4206 Locate
rpoC1 gene − 21208 24034 2827 Locate
rpoB gene − 24061 27273 3213 Locate
trnC-GCA gene + 28426 28496 71 Locate
petN gene + 29205 29294 90 Locate
psbM gene − 30311 30415 105 Locate
trnD-GUC gene − 30942 31015 74 Locate
trnY-GUA gene − 31129 31212 84 Locate
trnE-UUC gene − 31272 31344 73 Locate
trnT-GGU gene + 31920 31991 72 Locate
psbD gene + 33302 34363 1062 Locate
psbC gene + 34311 35732 1422 Locate
trnS-UGA gene − 35977 36068 92 Locate
psbZ gene + 36388 36576 189 Locate
trnG-GCC gene + 36835 36905 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37053 37126 74 Locate
rps14 gene − 37271 37573 303 Locate
psaB gene − 37701 39905 2205 Locate
psaA gene − 39931 42183 2253 Locate
ycf3 gene − 42886 44807 1922 Locate
trnS-GGA gene + 45699 45785 87 Locate
rps4 gene − 46068 46673 606 Locate
trnT-UGU gene − 47007 47079 73 Locate
trnL-UAA gene + 47762 48330 569 Locate
trnF-GAA gene + 48636 48708 73 Locate
ndhJ gene − 49363 49839 477 Locate
ndhK gene − 49947 50624 678 Locate
ndhC gene − 50677 51039 363 Locate
trnV-UAC gene − 51493 52146 654 Locate
trnM-CAU gene + 52327 52399 73 Locate
atpE gene − 52608 53009 402 Locate
atpB gene − 53006 54502 1497 Locate
rbcL gene + 55248 56711 1464 Locate
accD gene + 57433 58920 1488 Locate
psaI gene + 59631 59741 111 Locate
ycf4 gene + 60175 60729 555 Locate
cemA gene + 61472 62071 600 Locate
petA gene + 62278 63240 963 Locate
psbJ gene − 64267 64389 123 Locate
psbL gene − 64523 64639 117 Locate
psbF gene − 64663 64782 120 Locate
psbE gene − 64797 65048 252 Locate
petL gene + 65953 66048 96 Locate
petG gene + 66224 66337 114 Locate
trnW-CCA gene − 66456 66529 74 Locate
trnP-UGG gene − 66689 66762 74 Locate
psaJ gene + 67035 67169 135 Locate
rpl33 gene + 67648 67848 201 Locate
rps18 gene + 68023 68328 306 Locate
rpl20 gene − 68555 68941 387 Locate
rps12 gene − 69727 69852 126 Locate
clpP gene − 69994 71939 1946 Locate
psbB gene + 72409 73935 1527 Locate
psbT gene + 74119 74226 108 Locate
psbN gene − 74287 74418 132 Locate
psbH gene + 74522 74743 222 Locate
petB gene + 74869 76236 1368 Locate
petD gene + 76425 77626 1202 Locate
rpoA gene − 77789 78802 1014 Locate
rps11 gene − 78874 79290 417 Locate
rpl36 gene − 79393 79506 114 Locate
infA gene − 79602 79835 234 Locate
rps8 gene − 79956 80366 411 Locate
rpl14 gene − 80530 80898 369 Locate
rpl16 gene − 81026 82273 1248 Locate
rps3 gene − 82421 83083 663 Locate
rpl22 gene − 83085 83540 456 Locate
rps19 gene − 83600 83878 279 Locate
rpl2 gene − 83934 85416 1483 Locate
rpl23 gene − 85435 85716 282 Locate
trnI-CAU gene − 85876 85949 74 Locate
ycf2 gene + 86038 92847 6810 Locate
ycf15 gene + 92989 93186 198 Locate
trnL-CAA gene − 93447 93527 81 Locate
ndhB gene − 94070 96281 2212 Locate
rps7 gene − 96556 97023 468 Locate
rps12 gene − 97077 97867 791 Locate
trnV-GAC gene + 99422 99493 72 Locate
rrn16 gene + 99721 101211 1491 Locate
trnI-GAU gene + 101502 102521 1020 Locate
trnA-UGC gene + 102586 103469 884 Locate
rrn23 gene + 103639 106451 2813 Locate
rrn4.5 gene + 106550 106652 103 Locate
rrn5 gene + 106900 107020 121 Locate
trnR-ACG gene + 107255 107328 74 Locate
trnN-GUU gene − 107874 107945 72 Locate
ndhF gene − 109028 111268 2241 Locate
rpl32 gene + 111789 111965 177 Locate
trnL-UAG gene + 112395 112474 80 Locate
ccsA gene + 112570 113544 975 Locate
ndhD gene − 113779 115281 1503 Locate
psaC gene − 115408 115653 246 Locate
ndhE gene − 115909 116214 306 Locate
ndhG gene − 116432 116962 531 Locate
ndhI gene − 117319 117819 501 Locate
ndhA gene − 117900 119987 2088 Locate
ndhH gene − 119989 121170 1182 Locate
rps15 gene − 121268 121540 273 Locate
ycf1 gene − 121811 127453 5643 Locate
trnN-GUU gene + 127672 127743 72 Locate
trnR-ACG gene − 128289 128362 74 Locate
rrn5 gene − 128597 128717 121 Locate
rrn4.5 gene − 128965 129067 103 Locate
rrn23 gene − 129166 131978 2813 Locate
trnA-UGC gene − 132148 133031 884 Locate
trnI-GAU gene − 133096 134115 1020 Locate
ycf68 gene − 133667 133960 294 Locate
rrn16 gene − 134406 135896 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136124 136195 72 Locate
rps12 gene + 137750 138540 791 Locate
rps7 gene + 138594 139061 468 Locate
ndhB gene + 139336 141547 2212 Locate
trnL-CAA gene + 142090 142170 81 Locate
ycf15 gene − 142431 142628 198 Locate
ycf2 gene − 142770 149579 6810 Locate
trnI-CAU gene + 149668 149741 74 Locate
rpl23 gene + 149901 150182 282 Locate
rpl2 gene + 150201 151683 1483 Locate
Status Available
Accession PQ058279.1
Length 151,780 bp
GC content 38.5%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources