Scutellaria pontica chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ059211.1 · 4–77 bp · −
psbA · PQ059211.1 · 381–1,439 bp · −
trnK-UUU · PQ059211.1 · 1,680–4,262 bp · −
matK · PQ059211.1 · 1,970–3,505 bp · −
rps16 · PQ059211.1 · 5,155–6,317 bp · −
trnQ-UUG · PQ059211.1 · 7,429–7,500 bp · −
trnS-GCU · PQ059211.1 · 8,635–8,722 bp · −
atpA · PQ059211.1 · 10,503–12,026 bp · −
atpF · PQ059211.1 · 12,099–13,328 bp · −
atpH · PQ059211.1 · 13,692–13,937 bp · −
atpI · PQ059211.1 · 14,918–15,661 bp · −
rps2 · PQ059211.1 · 16,008–16,718 bp · −
rpoC2 · PQ059211.1 · 16,933–21,135 bp · −
rpoC1 · PQ059211.1 · 21,289–24,130 bp · −
rpoB · PQ059211.1 · 24,157–27,375 bp · −
psbM · PQ059211.1 · 30,401–30,514 bp · −
trnD-GUC · PQ059211.1 · 31,048–31,121 bp · −
trnY-GUA · PQ059211.1 · 31,235–31,318 bp · −
trnE-UUC · PQ059211.1 · 31,378–31,450 bp · −
trnS-UGA · PQ059211.1 · 36,059–36,150 bp · −
trnfM-CAU · PQ059211.1 · 37,134–37,207 bp · −
rps14 · PQ059211.1 · 37,362–37,664 bp · −
psaB · PQ059211.1 · 37,792–39,996 bp · −
psaA · PQ059211.1 · 40,022–42,274 bp · −
ycf3 · PQ059211.1 · 42,970–44,900 bp · −
rps4 · PQ059211.1 · 46,151–46,756 bp · −
trnT-UGU · PQ059211.1 · 47,088–47,160 bp · −
ndhJ · PQ059211.1 · 49,453–49,929 bp · −
ndhK · PQ059211.1 · 50,038–50,715 bp · −
ndhC · PQ059211.1 · 50,768–51,130 bp · −
trnV-UAC · PQ059211.1 · 52,117–52,769 bp · −
atpE · PQ059211.1 · 53,239–53,640 bp · −
atpB · PQ059211.1 · 53,637–55,133 bp · −
psbJ · PQ059211.1 · 64,863–64,985 bp · −
psbL · PQ059211.1 · 65,119–65,340 bp · −
psbF · PQ059211.1 · 65,259–65,378 bp · −
psbE · PQ059211.1 · 65,393–65,644 bp · −
trnW-CCA · PQ059211.1 · 67,016–67,089 bp · −
trnP-UGG · PQ059211.1 · 67,259–67,332 bp · −
rpl20 · PQ059211.1 · 69,115–69,501 bp · −
rps12 · PQ059211.1 · 70,278–70,403 bp · −
rps12 · PQ059211.1 · 97,574–98,364 bp · −
clpP · PQ059211.1 · 70,544–72,475 bp · −
psbN · PQ059211.1 · 74,835–74,966 bp · −
rpoA · PQ059211.1 · 78,539–79,333 bp · −
rps11 · PQ059211.1 · 79,405–79,821 bp · −
rpl36 · PQ059211.1 · 79,923–80,036 bp · −
infA · PQ059211.1 · 80,131–80,364 bp · −
rps8 · PQ059211.1 · 80,487–80,897 bp · −
rpl14 · PQ059211.1 · 81,054–81,422 bp · −
rpl16 · PQ059211.1 · 81,549–82,785 bp · −
rps3 · PQ059211.1 · 82,952–83,614 bp · −
rpl22 · PQ059211.1 · 83,616–84,071 bp · −
rps19 · PQ059211.1 · 84,131–84,409 bp · −
rpl2 · PQ059211.1 · 84,463–85,944 bp · −
rpl23 · PQ059211.1 · 85,963–86,244 bp · −
trnI-CAU · PQ059211.1 · 86,404–86,477 bp · −
trnL-CAA · PQ059211.1 · 93,944–94,024 bp · −
ndhB · PQ059211.1 · 94,567–96,778 bp · −
rps7 · PQ059211.1 · 97,053–97,520 bp · −
trnN-GUU · PQ059211.1 · 108,405–108,476 bp · −
ndhF · PQ059211.1 · 109,553–111,793 bp · −
ndhD · PQ059211.1 · 114,320–115,849 bp · −
psaC · PQ059211.1 · 115,948–116,193 bp · −
ndhE · PQ059211.1 · 116,449–116,754 bp · −
ndhG · PQ059211.1 · 116,976–117,506 bp · −
ndhI · PQ059211.1 · 117,872–118,372 bp · −
ndhA · PQ059211.1 · 118,460–120,568 bp · −
ndhH · PQ059211.1 · 120,570–121,781 bp · −
rps15 · PQ059211.1 · 121,848–122,120 bp · −
ycf1 · PQ059211.1 · 122,318–127,960 bp · −
trnR-ACG · PQ059211.1 · 128,802–128,875 bp · −
rrn5 · PQ059211.1 · 129,110–129,230 bp · −
rrn4.5 · PQ059211.1 · 129,478–129,580 bp · −
rrn23 · PQ059211.1 · 129,679–132,490 bp · −
trnA-UGC · PQ059211.1 · 132,660–133,547 bp · −
trnI-GAU · PQ059211.1 · 133,612–134,632 bp · −
ycf68 · PQ059211.1 · 134,184–134,477 bp · −
rrn16 · PQ059211.1 · 134,931–136,421 bp · −
trnV-GAC · PQ059211.1 · 136,648–136,719 bp · −
ycf15 · PQ059211.1 · 142,971–143,219 bp · −
ycf2 · PQ059211.1 · 143,310–150,089 bp · −
psbK · PQ059211.1 · 7,826–8,011 bp · +
psbI · PQ059211.1 · 8,406–8,516 bp · +
trnG-UCC · PQ059211.1 · 9,403–10,160 bp · +
trnR-UCU · PQ059211.1 · 10,335–10,406 bp · +
trnC-GCA · PQ059211.1 · 28,536–28,606 bp · +
petN · PQ059211.1 · 29,335–29,424 bp · +
trnT-GGU · PQ059211.1 · 32,019–32,090 bp · +
psbD · PQ059211.1 · 33,393–34,454 bp · +
psbC · PQ059211.1 · 34,402–35,823 bp · +
psbZ · PQ059211.1 · 36,458–36,646 bp · +
trnG-GCC · PQ059211.1 · 36,919–36,989 bp · +
trnS-GGA · PQ059211.1 · 45,783–45,869 bp · +
trnL-UAA · PQ059211.1 · 47,864–48,428 bp · +
trnF-GAA · PQ059211.1 · 48,739–48,811 bp · +
trnM-CAU · PQ059211.1 · 52,958–53,030 bp · +
rbcL · PQ059211.1 · 55,884–57,347 bp · +
accD · PQ059211.1 · 58,039–59,517 bp · +
psaI · PQ059211.1 · 60,228–60,338 bp · +
ycf4 · PQ059211.1 · 60,774–61,328 bp · +
cemA · PQ059211.1 · 62,071–62,670 bp · +
petA · PQ059211.1 · 62,877–63,839 bp · +
petL · PQ059211.1 · 66,513–66,608 bp · +
petG · PQ059211.1 · 66,784–66,897 bp · +
psaJ · PQ059211.1 · 67,541–67,738 bp · +
rpl33 · PQ059211.1 · 68,196–68,396 bp · +
rps18 · PQ059211.1 · 68,571–68,876 bp · +
rps12 · PQ059211.1 · 138,291–139,081 bp · +
psbB · PQ059211.1 · 72,942–74,468 bp · +
psbT · PQ059211.1 · 74,660–74,761 bp · +
psbH · PQ059211.1 · 75,070–75,291 bp · +
petB · PQ059211.1 · 75,417–76,785 bp · +
petD · PQ059211.1 · 76,974–78,164 bp · +
ycf2 · PQ059211.1 · 86,566–93,345 bp · +
ycf15 · PQ059211.1 · 93,436–93,684 bp · +
trnV-GAC · PQ059211.1 · 99,936–100,007 bp · +
rrn16 · PQ059211.1 · 100,234–101,724 bp · +
trnI-GAU · PQ059211.1 · 102,023–103,043 bp · +
trnA-UGC · PQ059211.1 · 103,108–103,995 bp · +
rrn23 · PQ059211.1 · 104,165–106,976 bp · +
rrn4.5 · PQ059211.1 · 107,075–107,177 bp · +
rrn5 · PQ059211.1 · 107,425–107,545 bp · +
trnR-ACG · PQ059211.1 · 107,780–107,853 bp · +
rpl32 · PQ059211.1 · 112,307–112,483 bp · +
trnL-UAG · PQ059211.1 · 112,930–113,009 bp · +
ccsA · PQ059211.1 · 113,112–114,086 bp · +
trnN-GUU · PQ059211.1 · 128,179–128,250 bp · +
rps7 · PQ059211.1 · 139,135–139,602 bp · +
ndhB · PQ059211.1 · 139,877–142,088 bp · +
trnL-CAA · PQ059211.1 · 142,631–142,711 bp · +
trnI-CAU · PQ059211.1 · 150,178–150,251 bp · +
rpl23 · PQ059211.1 · 150,411–150,692 bp · +
rpl2 · PQ059211.1 · 150,711–152,192 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria pontica
ANNOTATED PLASTOME
PQ059211.1
152,291 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 38073 76146 114218 152291 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 4 77 74 Locate
psbA gene − 381 1439 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1680 4262 2583 Locate
matK gene − 1970 3505 1536 Locate
rps16 gene − 5155 6317 1163 Locate
trnQ-UUG gene − 7429 7500 72 Locate
psbK gene + 7826 8011 186 Locate
psbI gene + 8406 8516 111 Locate
trnS-GCU gene − 8635 8722 88 Locate
trnG-UCC gene + 9403 10160 758 Locate
trnR-UCU gene + 10335 10406 72 Locate
atpA gene − 10503 12026 1524 Locate
atpF gene − 12099 13328 1230 Locate
atpH gene − 13692 13937 246 Locate
atpI gene − 14918 15661 744 Locate
rps2 gene − 16008 16718 711 Locate
rpoC2 gene − 16933 21135 4203 Locate
rpoC1 gene − 21289 24130 2842 Locate
rpoB gene − 24157 27375 3219 Locate
trnC-GCA gene + 28536 28606 71 Locate
petN gene + 29335 29424 90 Locate
psbM gene − 30401 30514 114 Locate
trnD-GUC gene − 31048 31121 74 Locate
trnY-GUA gene − 31235 31318 84 Locate
trnE-UUC gene − 31378 31450 73 Locate
trnT-GGU gene + 32019 32090 72 Locate
psbD gene + 33393 34454 1062 Locate
psbC gene + 34402 35823 1422 Locate
trnS-UGA gene − 36059 36150 92 Locate
psbZ gene + 36458 36646 189 Locate
trnG-GCC gene + 36919 36989 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37134 37207 74 Locate
rps14 gene − 37362 37664 303 Locate
psaB gene − 37792 39996 2205 Locate
psaA gene − 40022 42274 2253 Locate
ycf3 gene − 42970 44900 1931 Locate
trnS-GGA gene + 45783 45869 87 Locate
rps4 gene − 46151 46756 606 Locate
trnT-UGU gene − 47088 47160 73 Locate
trnL-UAA gene + 47864 48428 565 Locate
trnF-GAA gene + 48739 48811 73 Locate
ndhJ gene − 49453 49929 477 Locate
ndhK gene − 50038 50715 678 Locate
ndhC gene − 50768 51130 363 Locate
trnV-UAC gene − 52117 52769 653 Locate
trnM-CAU gene + 52958 53030 73 Locate
atpE gene − 53239 53640 402 Locate
atpB gene − 53637 55133 1497 Locate
rbcL gene + 55884 57347 1464 Locate
accD gene + 58039 59517 1479 Locate
psaI gene + 60228 60338 111 Locate
ycf4 gene + 60774 61328 555 Locate
cemA gene + 62071 62670 600 Locate
petA gene + 62877 63839 963 Locate
psbJ gene − 64863 64985 123 Locate
psbL gene − 65119 65340 222 Locate
psbF gene − 65259 65378 120 Locate
psbE gene − 65393 65644 252 Locate
petL gene + 66513 66608 96 Locate
petG gene + 66784 66897 114 Locate
trnW-CCA gene − 67016 67089 74 Locate
trnP-UGG gene − 67259 67332 74 Locate
psaJ gene + 67541 67738 198 Locate
rpl33 gene + 68196 68396 201 Locate
rps18 gene + 68571 68876 306 Locate
rpl20 gene − 69115 69501 387 Locate
rps12 gene − 70278 70403 126 Locate
clpP gene − 70544 72475 1932 Locate
psbB gene + 72942 74468 1527 Locate
psbT gene + 74660 74761 102 Locate
psbN gene − 74835 74966 132 Locate
psbH gene + 75070 75291 222 Locate
petB gene + 75417 76785 1369 Locate
petD gene + 76974 78164 1191 Locate
rpoA gene − 78539 79333 795 Locate
rps11 gene − 79405 79821 417 Locate
rpl36 gene − 79923 80036 114 Locate
infA gene − 80131 80364 234 Locate
rps8 gene − 80487 80897 411 Locate
rpl14 gene − 81054 81422 369 Locate
rpl16 gene − 81549 82785 1237 Locate
rps3 gene − 82952 83614 663 Locate
rpl22 gene − 83616 84071 456 Locate
rps19 gene − 84131 84409 279 Locate
rpl2 gene − 84463 85944 1482 Locate
rpl23 gene − 85963 86244 282 Locate
trnI-CAU gene − 86404 86477 74 Locate
ycf2 gene + 86566 93345 6780 Locate
ycf15 gene + 93436 93684 249 Locate
trnL-CAA gene − 93944 94024 81 Locate
ndhB gene − 94567 96778 2212 Locate
rps7 gene − 97053 97520 468 Locate
rps12 gene − 97574 98364 791 Locate
trnV-GAC gene + 99936 100007 72 Locate
rrn16 gene + 100234 101724 1491 Locate
trnI-GAU gene + 102023 103043 1021 Locate
trnA-UGC gene + 103108 103995 888 Locate
rrn23 gene + 104165 106976 2812 Locate
rrn4.5 gene + 107075 107177 103 Locate
rrn5 gene + 107425 107545 121 Locate
trnR-ACG gene + 107780 107853 74 Locate
trnN-GUU gene − 108405 108476 72 Locate
ndhF gene − 109553 111793 2241 Locate
rpl32 gene + 112307 112483 177 Locate
trnL-UAG gene + 112930 113009 80 Locate
ccsA gene + 113112 114086 975 Locate
ndhD gene − 114320 115849 1530 Locate
psaC gene − 115948 116193 246 Locate
ndhE gene − 116449 116754 306 Locate
ndhG gene − 116976 117506 531 Locate
ndhI gene − 117872 118372 501 Locate
ndhA gene − 118460 120568 2109 Locate
ndhH gene − 120570 121781 1212 Locate
rps15 gene − 121848 122120 273 Locate
ycf1 gene − 122318 127960 5643 Locate
trnN-GUU gene + 128179 128250 72 Locate
trnR-ACG gene − 128802 128875 74 Locate
rrn5 gene − 129110 129230 121 Locate
rrn4.5 gene − 129478 129580 103 Locate
rrn23 gene − 129679 132490 2812 Locate
trnA-UGC gene − 132660 133547 888 Locate
trnI-GAU gene − 133612 134632 1021 Locate
ycf68 gene − 134184 134477 294 Locate
rrn16 gene − 134931 136421 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136648 136719 72 Locate
rps12 gene + 138291 139081 791 Locate
rps7 gene + 139135 139602 468 Locate
ndhB gene + 139877 142088 2212 Locate
trnL-CAA gene + 142631 142711 81 Locate
ycf15 gene − 142971 143219 249 Locate
ycf2 gene − 143310 150089 6780 Locate
trnI-CAU gene + 150178 150251 74 Locate
rpl23 gene + 150411 150692 282 Locate
rpl2 gene + 150711 152192 1482 Locate
Status Available
Accession PQ059211.1
Length 152,291 bp
GC content 38.3%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources