Scutellaria scordiifolia var. puberula chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ059189.1 · 3–76 bp · −
psbA · PQ059189.1 · 380–1,438 bp · −
trnK-UUU · PQ059189.1 · 1,671–4,258 bp · −
matK · PQ059189.1 · 1,966–3,501 bp · −
rps16 · PQ059189.1 · 5,162–6,330 bp · −
trnQ-UUG · PQ059189.1 · 7,461–7,532 bp · −
trnS-GCU · PQ059189.1 · 8,661–8,748 bp · −
atpA · PQ059189.1 · 10,538–12,061 bp · −
atpF · PQ059189.1 · 12,135–13,362 bp · −
atpH · PQ059189.1 · 13,731–13,976 bp · −
atpI · PQ059189.1 · 14,967–15,710 bp · −
rps2 · PQ059189.1 · 16,059–16,769 bp · −
rpoC2 · PQ059189.1 · 16,986–21,191 bp · −
rpoC1 · PQ059189.1 · 21,346–24,182 bp · −
rpoB · PQ059189.1 · 24,209–27,421 bp · −
psbM · PQ059189.1 · 30,483–30,587 bp · −
trnD-GUC · PQ059189.1 · 31,113–31,186 bp · −
trnY-GUA · PQ059189.1 · 31,300–31,383 bp · −
trnE-UUC · PQ059189.1 · 31,443–31,515 bp · −
trnS-UGA · PQ059189.1 · 36,145–36,236 bp · −
trnfM-CAU · PQ059189.1 · 37,233–37,306 bp · −
rps14 · PQ059189.1 · 37,456–37,758 bp · −
psaB · PQ059189.1 · 37,886–40,090 bp · −
psaA · PQ059189.1 · 40,116–42,368 bp · −
ycf3 · PQ059189.1 · 43,045–44,968 bp · −
rps4 · PQ059189.1 · 46,227–46,832 bp · −
trnT-UGU · PQ059189.1 · 47,171–47,243 bp · −
ndhJ · PQ059189.1 · 49,525–50,001 bp · −
ndhK · PQ059189.1 · 50,109–50,786 bp · −
ndhC · PQ059189.1 · 50,839–51,201 bp · −
trnV-UAC · PQ059189.1 · 52,198–52,850 bp · −
atpE · PQ059189.1 · 53,313–53,714 bp · −
atpB · PQ059189.1 · 53,711–55,198 bp · −
psbJ · PQ059189.1 · 64,955–65,077 bp · −
psbL · PQ059189.1 · 65,211–65,327 bp · −
psbF · PQ059189.1 · 65,351–65,470 bp · −
psbE · PQ059189.1 · 65,485–65,736 bp · −
trnW-CCA · PQ059189.1 · 67,147–67,220 bp · −
trnP-UGG · PQ059189.1 · 67,390–67,463 bp · −
rpl20 · PQ059189.1 · 69,259–69,645 bp · −
rps12 · PQ059189.1 · 70,434–70,559 bp · −
rps12 · PQ059189.1 · 97,780–98,570 bp · −
clpP · PQ059189.1 · 70,702–72,636 bp · −
psbN · PQ059189.1 · 75,004–75,135 bp · −
rpoA · PQ059189.1 · 78,503–79,516 bp · −
rps11 · PQ059189.1 · 79,588–80,004 bp · −
rpl36 · PQ059189.1 · 80,106–80,219 bp · −
infA · PQ059189.1 · 80,315–80,548 bp · −
rps8 · PQ059189.1 · 80,668–81,078 bp · −
rpl14 · PQ059189.1 · 81,237–81,605 bp · −
rpl16 · PQ059189.1 · 81,732–82,975 bp · −
rps3 · PQ059189.1 · 83,130–83,792 bp · −
rpl22 · PQ059189.1 · 83,794–84,249 bp · −
rps19 · PQ059189.1 · 84,309–84,587 bp · −
rpl2 · PQ059189.1 · 84,642–86,124 bp · −
rpl23 · PQ059189.1 · 86,143–86,424 bp · −
trnI-CAU · PQ059189.1 · 86,584–86,657 bp · −
trnL-CAA · PQ059189.1 · 94,150–94,230 bp · −
ndhB · PQ059189.1 · 94,773–96,930 bp · −
rps7 · PQ059189.1 · 97,259–97,726 bp · −
trnN-GUU · PQ059189.1 · 108,611–108,682 bp · −
ndhF · PQ059189.1 · 109,752–111,992 bp · −
ndhD · PQ059189.1 · 114,515–116,038 bp · −
psaC · PQ059189.1 · 116,137–116,382 bp · −
ndhE · PQ059189.1 · 116,644–116,949 bp · −
ndhG · PQ059189.1 · 117,170–117,700 bp · −
ndhI · PQ059189.1 · 118,064–118,564 bp · −
ndhA · PQ059189.1 · 118,645–120,736 bp · −
ndhH · PQ059189.1 · 120,738–121,949 bp · −
rps15 · PQ059189.1 · 122,022–122,354 bp · −
ycf1 · PQ059189.1 · 122,565–128,318 bp · −
trnR-ACG · PQ059189.1 · 129,049–129,122 bp · −
rrn5 · PQ059189.1 · 129,357–129,477 bp · −
rrn4.5 · PQ059189.1 · 129,725–129,827 bp · −
rrn23 · PQ059189.1 · 129,926–132,738 bp · −
trnA-UGC · PQ059189.1 · 132,908–133,792 bp · −
trnI-GAU · PQ059189.1 · 133,857–134,877 bp · −
ycf68 · PQ059189.1 · 134,483–134,722 bp · −
rrn16 · PQ059189.1 · 135,176–136,666 bp · −
trnV-GAC · PQ059189.1 · 136,894–136,965 bp · −
ycf15 · PQ059189.1 · 143,219–143,416 bp · −
ycf2 · PQ059189.1 · 143,558–150,367 bp · −
psbK · PQ059189.1 · 7,857–8,042 bp · +
psbI · PQ059189.1 · 8,433–8,543 bp · +
trnG-UCC · PQ059189.1 · 9,436–10,195 bp · +
trnR-UCU · PQ059189.1 · 10,370–10,441 bp · +
trnC-GCA · PQ059189.1 · 28,585–28,655 bp · +
petN · PQ059189.1 · 29,366–29,455 bp · +
trnT-GGU · PQ059189.1 · 32,098–32,169 bp · +
psbD · PQ059189.1 · 33,471–34,532 bp · +
psbC · PQ059189.1 · 34,480–35,901 bp · +
psbZ · PQ059189.1 · 36,556–36,744 bp · +
trnG-GCC · PQ059189.1 · 37,016–37,086 bp · +
trnS-GGA · PQ059189.1 · 45,855–45,941 bp · +
trnL-UAA · PQ059189.1 · 47,929–48,497 bp · +
trnF-GAA · PQ059189.1 · 48,804–48,876 bp · +
trnM-CAU · PQ059189.1 · 53,031–53,103 bp · +
rbcL · PQ059189.1 · 55,950–57,413 bp · +
accD · PQ059189.1 · 58,124–59,590 bp · +
psaI · PQ059189.1 · 60,321–60,431 bp · +
ycf4 · PQ059189.1 · 60,865–61,419 bp · +
cemA · PQ059189.1 · 62,168–62,767 bp · +
petA · PQ059189.1 · 62,974–63,936 bp · +
petL · PQ059189.1 · 66,645–66,740 bp · +
petG · PQ059189.1 · 66,915–67,028 bp · +
psaJ · PQ059189.1 · 67,735–67,869 bp · +
rpl33 · PQ059189.1 · 68,341–68,541 bp · +
rps18 · PQ059189.1 · 68,716–69,021 bp · +
rps12 · PQ059189.1 · 138,543–139,333 bp · +
psbB · PQ059189.1 · 73,111–74,637 bp · +
psbT · PQ059189.1 · 74,829–74,930 bp · +
psbH · PQ059189.1 · 75,239–75,460 bp · +
petB · PQ059189.1 · 75,585–76,950 bp · +
petD · PQ059189.1 · 77,139–78,340 bp · +
ycf2 · PQ059189.1 · 86,746–93,555 bp · +
ycf15 · PQ059189.1 · 93,697–93,894 bp · +
trnV-GAC · PQ059189.1 · 100,148–100,219 bp · +
rrn16 · PQ059189.1 · 100,447–101,937 bp · +
trnI-GAU · PQ059189.1 · 102,236–103,256 bp · +
trnA-UGC · PQ059189.1 · 103,321–104,205 bp · +
rrn23 · PQ059189.1 · 104,375–107,187 bp · +
rrn4.5 · PQ059189.1 · 107,286–107,388 bp · +
rrn5 · PQ059189.1 · 107,636–107,756 bp · +
trnR-ACG · PQ059189.1 · 107,991–108,064 bp · +
rpl32 · PQ059189.1 · 112,509–112,685 bp · +
trnL-UAG · PQ059189.1 · 113,132–113,211 bp · +
ccsA · PQ059189.1 · 113,308–114,282 bp · +
trnN-GUU · PQ059189.1 · 128,431–128,502 bp · +
rps7 · PQ059189.1 · 139,387–139,854 bp · +
ndhB · PQ059189.1 · 140,183–142,340 bp · +
trnL-CAA · PQ059189.1 · 142,883–142,963 bp · +
trnI-CAU · PQ059189.1 · 150,456–150,529 bp · +
rpl23 · PQ059189.1 · 150,689–150,970 bp · +
rpl2 · PQ059189.1 · 150,989–152,471 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria scordiifolia var. puberula
ANNOTATED PLASTOME
PQ059189.1
152,566 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 38142 76283 114424 152566 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 3 76 74 Locate
psbA gene − 380 1438 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1671 4258 2588 Locate
matK gene − 1966 3501 1536 Locate
rps16 gene − 5162 6330 1169 Locate
trnQ-UUG gene − 7461 7532 72 Locate
psbK gene + 7857 8042 186 Locate
psbI gene + 8433 8543 111 Locate
trnS-GCU gene − 8661 8748 88 Locate
trnG-UCC gene + 9436 10195 760 Locate
trnR-UCU gene + 10370 10441 72 Locate
atpA gene − 10538 12061 1524 Locate
atpF gene − 12135 13362 1228 Locate
atpH gene − 13731 13976 246 Locate
atpI gene − 14967 15710 744 Locate
rps2 gene − 16059 16769 711 Locate
rpoC2 gene − 16986 21191 4206 Locate
rpoC1 gene − 21346 24182 2837 Locate
rpoB gene − 24209 27421 3213 Locate
trnC-GCA gene + 28585 28655 71 Locate
petN gene + 29366 29455 90 Locate
psbM gene − 30483 30587 105 Locate
trnD-GUC gene − 31113 31186 74 Locate
trnY-GUA gene − 31300 31383 84 Locate
trnE-UUC gene − 31443 31515 73 Locate
trnT-GGU gene + 32098 32169 72 Locate
psbD gene + 33471 34532 1062 Locate
psbC gene + 34480 35901 1422 Locate
trnS-UGA gene − 36145 36236 92 Locate
psbZ gene + 36556 36744 189 Locate
trnG-GCC gene + 37016 37086 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37233 37306 74 Locate
rps14 gene − 37456 37758 303 Locate
psaB gene − 37886 40090 2205 Locate
psaA gene − 40116 42368 2253 Locate
ycf3 gene − 43045 44968 1924 Locate
trnS-GGA gene + 45855 45941 87 Locate
rps4 gene − 46227 46832 606 Locate
trnT-UGU gene − 47171 47243 73 Locate
trnL-UAA gene + 47929 48497 569 Locate
trnF-GAA gene + 48804 48876 73 Locate
ndhJ gene − 49525 50001 477 Locate
ndhK gene − 50109 50786 678 Locate
ndhC gene − 50839 51201 363 Locate
trnV-UAC gene − 52198 52850 653 Locate
trnM-CAU gene + 53031 53103 73 Locate
atpE gene − 53313 53714 402 Locate
atpB gene − 53711 55198 1488 Locate
rbcL gene + 55950 57413 1464 Locate
accD gene + 58124 59590 1467 Locate
psaI gene + 60321 60431 111 Locate
ycf4 gene + 60865 61419 555 Locate
cemA gene + 62168 62767 600 Locate
petA gene + 62974 63936 963 Locate
psbJ gene − 64955 65077 123 Locate
psbL gene − 65211 65327 117 Locate
psbF gene − 65351 65470 120 Locate
psbE gene − 65485 65736 252 Locate
petL gene + 66645 66740 96 Locate
petG gene + 66915 67028 114 Locate
trnW-CCA gene − 67147 67220 74 Locate
trnP-UGG gene − 67390 67463 74 Locate
psaJ gene + 67735 67869 135 Locate
rpl33 gene + 68341 68541 201 Locate
rps18 gene + 68716 69021 306 Locate
rpl20 gene − 69259 69645 387 Locate
rps12 gene − 70434 70559 126 Locate
clpP gene − 70702 72636 1935 Locate
psbB gene + 73111 74637 1527 Locate
psbT gene + 74829 74930 102 Locate
psbN gene − 75004 75135 132 Locate
psbH gene + 75239 75460 222 Locate
petB gene + 75585 76950 1366 Locate
petD gene + 77139 78340 1202 Locate
rpoA gene − 78503 79516 1014 Locate
rps11 gene − 79588 80004 417 Locate
rpl36 gene − 80106 80219 114 Locate
infA gene − 80315 80548 234 Locate
rps8 gene − 80668 81078 411 Locate
rpl14 gene − 81237 81605 369 Locate
rpl16 gene − 81732 82975 1244 Locate
rps3 gene − 83130 83792 663 Locate
rpl22 gene − 83794 84249 456 Locate
rps19 gene − 84309 84587 279 Locate
rpl2 gene − 84642 86124 1483 Locate
rpl23 gene − 86143 86424 282 Locate
trnI-CAU gene − 86584 86657 74 Locate
ycf2 gene + 86746 93555 6810 Locate
ycf15 gene + 93697 93894 198 Locate
trnL-CAA gene − 94150 94230 81 Locate
ndhB gene − 94773 96930 2158 Locate
rps7 gene − 97259 97726 468 Locate
rps12 gene − 97780 98570 791 Locate
trnV-GAC gene + 100148 100219 72 Locate
rrn16 gene + 100447 101937 1491 Locate
trnI-GAU gene + 102236 103256 1021 Locate
trnA-UGC gene + 103321 104205 885 Locate
rrn23 gene + 104375 107187 2813 Locate
rrn4.5 gene + 107286 107388 103 Locate
rrn5 gene + 107636 107756 121 Locate
trnR-ACG gene + 107991 108064 74 Locate
trnN-GUU gene − 108611 108682 72 Locate
ndhF gene − 109752 111992 2241 Locate
rpl32 gene + 112509 112685 177 Locate
trnL-UAG gene + 113132 113211 80 Locate
ccsA gene + 113308 114282 975 Locate
ndhD gene − 114515 116038 1524 Locate
psaC gene − 116137 116382 246 Locate
ndhE gene − 116644 116949 306 Locate
ndhG gene − 117170 117700 531 Locate
ndhI gene − 118064 118564 501 Locate
ndhA gene − 118645 120736 2092 Locate
ndhH gene − 120738 121949 1212 Locate
rps15 gene − 122022 122354 333 Locate
ycf1 gene − 122565 128318 5754 Locate
trnN-GUU gene + 128431 128502 72 Locate
trnR-ACG gene − 129049 129122 74 Locate
rrn5 gene − 129357 129477 121 Locate
rrn4.5 gene − 129725 129827 103 Locate
rrn23 gene − 129926 132738 2813 Locate
trnA-UGC gene − 132908 133792 885 Locate
trnI-GAU gene − 133857 134877 1021 Locate
ycf68 gene − 134483 134722 240 Locate
rrn16 gene − 135176 136666 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136894 136965 72 Locate
rps12 gene + 138543 139333 791 Locate
rps7 gene + 139387 139854 468 Locate
ndhB gene + 140183 142340 2158 Locate
trnL-CAA gene + 142883 142963 81 Locate
ycf15 gene − 143219 143416 198 Locate
ycf2 gene − 143558 150367 6810 Locate
trnI-CAU gene + 150456 150529 74 Locate
rpl23 gene + 150689 150970 282 Locate
rpl2 gene + 150989 152471 1483 Locate
Status Available
Accession PQ059189.1
Length 152,566 bp
GC content 38.3%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources