Scutellaria sibthorpii chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ059217.1 · 4–77 bp · −
psbA · PQ059217.1 · 395–1,453 bp · −
trnK-UUU · PQ059217.1 · 1,695–4,287 bp · −
matK · PQ059217.1 · 1,984–3,528 bp · −
rps16 · PQ059217.1 · 5,199–6,370 bp · −
trnQ-UUG · PQ059217.1 · 7,482–7,553 bp · −
trnS-GCU · PQ059217.1 · 8,670–8,757 bp · −
atpA · PQ059217.1 · 10,543–12,066 bp · −
atpF · PQ059217.1 · 12,151–13,381 bp · −
atpH · PQ059217.1 · 13,752–13,997 bp · −
atpI · PQ059217.1 · 14,991–15,734 bp · −
rps2 · PQ059217.1 · 16,081–16,791 bp · −
rpoC2 · PQ059217.1 · 17,009–21,208 bp · −
rpoC1 · PQ059217.1 · 21,363–24,181 bp · −
rpoB · PQ059217.1 · 24,208–27,420 bp · −
psbM · PQ059217.1 · 30,506–30,610 bp · −
trnD-GUC · PQ059217.1 · 31,142–31,215 bp · −
trnY-GUA · PQ059217.1 · 31,329–31,412 bp · −
trnE-UUC · PQ059217.1 · 31,472–31,544 bp · −
trnS-UGA · PQ059217.1 · 36,169–36,260 bp · −
trnfM-CAU · PQ059217.1 · 37,256–37,329 bp · −
rps14 · PQ059217.1 · 37,479–37,781 bp · −
psaB · PQ059217.1 · 37,912–40,116 bp · −
psaA · PQ059217.1 · 40,142–42,394 bp · −
ycf3 · PQ059217.1 · 43,099–45,025 bp · −
rps4 · PQ059217.1 · 46,270–46,875 bp · −
trnT-UGU · PQ059217.1 · 47,216–47,288 bp · −
ndhJ · PQ059217.1 · 49,545–50,021 bp · −
ndhK · PQ059217.1 · 50,126–50,803 bp · −
ndhC · PQ059217.1 · 50,856–51,218 bp · −
trnV-UAC · PQ059217.1 · 52,207–52,865 bp · −
atpE · PQ059217.1 · 53,327–53,728 bp · −
atpB · PQ059217.1 · 53,725–55,221 bp · −
psbJ · PQ059217.1 · 64,388–64,510 bp · −
psbL · PQ059217.1 · 64,644–64,865 bp · −
psbF · PQ059217.1 · 64,784–64,903 bp · −
psbE · PQ059217.1 · 64,918–65,169 bp · −
trnW-CCA · PQ059217.1 · 66,579–66,652 bp · −
trnP-UGG · PQ059217.1 · 66,822–66,895 bp · −
rpl20 · PQ059217.1 · 68,692–69,078 bp · −
rps12 · PQ059217.1 · 69,861–69,986 bp · −
rps12 · PQ059217.1 · 97,184–97,974 bp · −
clpP · PQ059217.1 · 70,128–72,063 bp · −
psbN · PQ059217.1 · 74,392–74,523 bp · −
rpoA · PQ059217.1 · 77,904–78,917 bp · −
rps11 · PQ059217.1 · 78,989–79,405 bp · −
rpl36 · PQ059217.1 · 79,507–79,620 bp · −
infA · PQ059217.1 · 79,716–79,949 bp · −
rps8 · PQ059217.1 · 80,072–80,482 bp · −
rpl14 · PQ059217.1 · 80,647–81,015 bp · −
rpl16 · PQ059217.1 · 81,142–82,373 bp · −
rps3 · PQ059217.1 · 82,528–83,190 bp · −
rpl22 · PQ059217.1 · 83,192–83,647 bp · −
rps19 · PQ059217.1 · 83,707–83,985 bp · −
rpl2 · PQ059217.1 · 84,041–85,523 bp · −
rpl23 · PQ059217.1 · 85,542–85,823 bp · −
trnI-CAU · PQ059217.1 · 85,983–86,056 bp · −
trnL-CAA · PQ059217.1 · 93,554–93,634 bp · −
ndhB · PQ059217.1 · 94,177–96,334 bp · −
rps7 · PQ059217.1 · 96,663–97,130 bp · −
trnN-GUU · PQ059217.1 · 108,012–108,083 bp · −
ndhF · PQ059217.1 · 109,160–111,400 bp · −
ndhD · PQ059217.1 · 113,903–115,405 bp · −
psaC · PQ059217.1 · 115,538–115,783 bp · −
ndhE · PQ059217.1 · 116,039–116,344 bp · −
ndhG · PQ059217.1 · 116,568–117,098 bp · −
ndhI · PQ059217.1 · 117,447–117,947 bp · −
ndhA · PQ059217.1 · 118,028–120,137 bp · −
ndhH · PQ059217.1 · 120,139–121,350 bp · −
rps15 · PQ059217.1 · 121,417–121,749 bp · −
ycf1 · PQ059217.1 · 121,958–127,633 bp · −
trnR-ACG · PQ059217.1 · 128,479–128,552 bp · −
rrn5 · PQ059217.1 · 128,787–128,907 bp · −
rrn4.5 · PQ059217.1 · 129,155–129,257 bp · −
rrn23 · PQ059217.1 · 129,356–132,167 bp · −
trnA-UGC · PQ059217.1 · 132,337–133,222 bp · −
trnI-GAU · PQ059217.1 · 133,287–134,305 bp · −
ycf68 · PQ059217.1 · 133,857–134,150 bp · −
rrn16 · PQ059217.1 · 134,604–136,094 bp · −
trnV-GAC · PQ059217.1 · 136,317–136,388 bp · −
ycf15 · PQ059217.1 · 142,642–142,890 bp · −
ycf2 · PQ059217.1 · 142,981–149,790 bp · −
psbK · PQ059217.1 · 7,878–8,063 bp · +
psbI · PQ059217.1 · 8,461–8,571 bp · +
trnG-UCC · PQ059217.1 · 9,450–10,205 bp · +
trnR-UCU · PQ059217.1 · 10,375–10,446 bp · +
trnC-GCA · PQ059217.1 · 28,603–28,673 bp · +
petN · PQ059217.1 · 29,409–29,498 bp · +
trnT-GGU · PQ059217.1 · 32,116–32,187 bp · +
psbD · PQ059217.1 · 33,504–34,565 bp · +
psbC · PQ059217.1 · 34,513–35,934 bp · +
psbZ · PQ059217.1 · 36,580–36,768 bp · +
trnG-GCC · PQ059217.1 · 37,041–37,111 bp · +
trnS-GGA · PQ059217.1 · 45,899–45,985 bp · +
trnL-UAA · PQ059217.1 · 47,951–48,517 bp · +
trnF-GAA · PQ059217.1 · 48,823–48,895 bp · +
trnM-CAU · PQ059217.1 · 53,046–53,118 bp · +
rbcL · PQ059217.1 · 55,969–57,432 bp · +
accD · PQ059217.1 · 58,158–59,648 bp · +
psaI · PQ059217.1 · 59,886–59,996 bp · +
ycf4 · PQ059217.1 · 60,430–60,984 bp · +
cemA · PQ059217.1 · 61,598–62,197 bp · +
petA · PQ059217.1 · 62,404–63,366 bp · +
petL · PQ059217.1 · 66,086–66,181 bp · +
petG · PQ059217.1 · 66,357–66,470 bp · +
psaJ · PQ059217.1 · 67,168–67,302 bp · +
rpl33 · PQ059217.1 · 67,771–67,971 bp · +
rps18 · PQ059217.1 · 68,146–68,451 bp · +
rps12 · PQ059217.1 · 137,961–138,751 bp · +
psbB · PQ059217.1 · 72,517–74,043 bp · +
psbT · PQ059217.1 · 74,224–74,331 bp · +
psbH · PQ059217.1 · 74,627–74,848 bp · +
petB · PQ059217.1 · 74,973–76,341 bp · +
petD · PQ059217.1 · 76,530–77,741 bp · +
ycf2 · PQ059217.1 · 86,145–92,954 bp · +
ycf15 · PQ059217.1 · 93,045–93,293 bp · +
trnV-GAC · PQ059217.1 · 99,547–99,618 bp · +
rrn16 · PQ059217.1 · 99,841–101,331 bp · +
trnI-GAU · PQ059217.1 · 101,630–102,648 bp · +
trnA-UGC · PQ059217.1 · 102,713–103,598 bp · +
rrn23 · PQ059217.1 · 103,768–106,579 bp · +
rrn4.5 · PQ059217.1 · 106,678–106,780 bp · +
rrn5 · PQ059217.1 · 107,028–107,148 bp · +
trnR-ACG · PQ059217.1 · 107,383–107,456 bp · +
rpl32 · PQ059217.1 · 111,914–112,090 bp · +
trnL-UAG · PQ059217.1 · 112,525–112,604 bp · +
ccsA · PQ059217.1 · 112,691–113,665 bp · +
trnN-GUU · PQ059217.1 · 127,852–127,923 bp · +
rps7 · PQ059217.1 · 138,805–139,272 bp · +
ndhB · PQ059217.1 · 139,601–141,758 bp · +
trnL-CAA · PQ059217.1 · 142,301–142,381 bp · +
trnI-CAU · PQ059217.1 · 149,879–149,952 bp · +
rpl23 · PQ059217.1 · 150,112–150,393 bp · +
rpl2 · PQ059217.1 · 150,412–151,894 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Scutellaria sibthorpii
ANNOTATED PLASTOME
PQ059217.1
151,990 bp · 133 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37998 75995 113992 151990 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU ycf68 rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
134 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 4 77 74 Locate
psbA gene − 395 1453 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1695 4287 2593 Locate
matK gene − 1984 3528 1545 Locate
rps16 gene − 5199 6370 1172 Locate
trnQ-UUG gene − 7482 7553 72 Locate
psbK gene + 7878 8063 186 Locate
psbI gene + 8461 8571 111 Locate
trnS-GCU gene − 8670 8757 88 Locate
trnG-UCC gene + 9450 10205 756 Locate
trnR-UCU gene + 10375 10446 72 Locate
atpA gene − 10543 12066 1524 Locate
atpF gene − 12151 13381 1231 Locate
atpH gene − 13752 13997 246 Locate
atpI gene − 14991 15734 744 Locate
rps2 gene − 16081 16791 711 Locate
rpoC2 gene − 17009 21208 4200 Locate
rpoC1 gene − 21363 24181 2819 Locate
rpoB gene − 24208 27420 3213 Locate
trnC-GCA gene + 28603 28673 71 Locate
petN gene + 29409 29498 90 Locate
psbM gene − 30506 30610 105 Locate
trnD-GUC gene − 31142 31215 74 Locate
trnY-GUA gene − 31329 31412 84 Locate
trnE-UUC gene − 31472 31544 73 Locate
trnT-GGU gene + 32116 32187 72 Locate
psbD gene + 33504 34565 1062 Locate
psbC gene + 34513 35934 1422 Locate
trnS-UGA gene − 36169 36260 92 Locate
psbZ gene + 36580 36768 189 Locate
trnG-GCC gene + 37041 37111 71 Locate
trnfM-CAU gene − 37256 37329 74 Locate
rps14 gene − 37479 37781 303 Locate
psaB gene − 37912 40116 2205 Locate
psaA gene − 40142 42394 2253 Locate
ycf3 gene − 43099 45025 1927 Locate
trnS-GGA gene + 45899 45985 87 Locate
rps4 gene − 46270 46875 606 Locate
trnT-UGU gene − 47216 47288 73 Locate
trnL-UAA gene + 47951 48517 567 Locate
trnF-GAA gene + 48823 48895 73 Locate
ndhJ gene − 49545 50021 477 Locate
ndhK gene − 50126 50803 678 Locate
ndhC gene − 50856 51218 363 Locate
trnV-UAC gene − 52207 52865 659 Locate
trnM-CAU gene + 53046 53118 73 Locate
atpE gene − 53327 53728 402 Locate
atpB gene − 53725 55221 1497 Locate
rbcL gene + 55969 57432 1464 Locate
accD gene + 58158 59648 1491 Locate
psaI gene + 59886 59996 111 Locate
ycf4 gene + 60430 60984 555 Locate
cemA gene + 61598 62197 600 Locate
petA gene + 62404 63366 963 Locate
psbJ gene − 64388 64510 123 Locate
psbL gene − 64644 64865 222 Locate
psbF gene − 64784 64903 120 Locate
psbE gene − 64918 65169 252 Locate
petL gene + 66086 66181 96 Locate
petG gene + 66357 66470 114 Locate
trnW-CCA gene − 66579 66652 74 Locate
trnP-UGG gene − 66822 66895 74 Locate
psaJ gene + 67168 67302 135 Locate
rpl33 gene + 67771 67971 201 Locate
rps18 gene + 68146 68451 306 Locate
rpl20 gene − 68692 69078 387 Locate
rps12 gene − 69861 69986 126 Locate
clpP gene − 70128 72063 1936 Locate
psbB gene + 72517 74043 1527 Locate
psbT gene + 74224 74331 108 Locate
psbN gene − 74392 74523 132 Locate
psbH gene + 74627 74848 222 Locate
petB gene + 74973 76341 1369 Locate
petD gene + 76530 77741 1212 Locate
rpoA gene − 77904 78917 1014 Locate
rps11 gene − 78989 79405 417 Locate
rpl36 gene − 79507 79620 114 Locate
infA gene − 79716 79949 234 Locate
rps8 gene − 80072 80482 411 Locate
rpl14 gene − 80647 81015 369 Locate
rpl16 gene − 81142 82373 1232 Locate
rps3 gene − 82528 83190 663 Locate
rpl22 gene − 83192 83647 456 Locate
rps19 gene − 83707 83985 279 Locate
rpl2 gene − 84041 85523 1483 Locate
rpl23 gene − 85542 85823 282 Locate
trnI-CAU gene − 85983 86056 74 Locate
ycf2 gene + 86145 92954 6810 Locate
ycf15 gene + 93045 93293 249 Locate
trnL-CAA gene − 93554 93634 81 Locate
ndhB gene − 94177 96334 2158 Locate
rps7 gene − 96663 97130 468 Locate
rps12 gene − 97184 97974 791 Locate
trnV-GAC gene + 99547 99618 72 Locate
rrn16 gene + 99841 101331 1491 Locate
trnI-GAU gene + 101630 102648 1019 Locate
trnA-UGC gene + 102713 103598 886 Locate
rrn23 gene + 103768 106579 2812 Locate
rrn4.5 gene + 106678 106780 103 Locate
rrn5 gene + 107028 107148 121 Locate
trnR-ACG gene + 107383 107456 74 Locate
trnN-GUU gene − 108012 108083 72 Locate
ndhF gene − 109160 111400 2241 Locate
rpl32 gene + 111914 112090 177 Locate
trnL-UAG gene + 112525 112604 80 Locate
ccsA gene + 112691 113665 975 Locate
ndhD gene − 113903 115405 1503 Locate
psaC gene − 115538 115783 246 Locate
ndhE gene − 116039 116344 306 Locate
ndhG gene − 116568 117098 531 Locate
ndhI gene − 117447 117947 501 Locate
ndhA gene − 118028 120137 2110 Locate
ndhH gene − 120139 121350 1212 Locate
rps15 gene − 121417 121749 333 Locate
ycf1 gene − 121958 127633 5676 Locate
trnN-GUU gene + 127852 127923 72 Locate
trnR-ACG gene − 128479 128552 74 Locate
rrn5 gene − 128787 128907 121 Locate
rrn4.5 gene − 129155 129257 103 Locate
rrn23 gene − 129356 132167 2812 Locate
trnA-UGC gene − 132337 133222 886 Locate
trnI-GAU gene − 133287 134305 1019 Locate
ycf68 gene − 133857 134150 294 Locate
rrn16 gene − 134604 136094 1491 Locate
trnV-GAC gene − 136317 136388 72 Locate
rps12 gene + 137961 138751 791 Locate
rps7 gene + 138805 139272 468 Locate
ndhB gene + 139601 141758 2158 Locate
trnL-CAA gene + 142301 142381 81 Locate
ycf15 gene − 142642 142890 249 Locate
ycf2 gene − 142981 149790 6810 Locate
trnI-CAU gene + 149879 149952 74 Locate
rpl23 gene + 150112 150393 282 Locate
rpl2 gene + 150412 151894 1483 Locate
Status Available
Accession PQ059217.1
Length 151,990 bp
GC content 38.2%
Annotated genes 133
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 15 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources