Ziziphora clinopodioides chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PV116304.1 · 12–85 bp · −
psbA · PV116304.1 · 400–1,458 bp · −
trnK-UUU · PV116304.1 · 1,686–4,275 bp · −
matK · PV116304.1 · 2,010–3,539 bp · −
rps16 · PV116304.1 · 4,811–5,958 bp · −
trnQ-UUG · PV116304.1 · 6,854–6,925 bp · −
trnS-GCU · PV116304.1 · 8,124–8,211 bp · −
atpA · PV116304.1 · 10,023–11,546 bp · −
atpF · PV116304.1 · 11,639–12,893 bp · −
atpH · PV116304.1 · 13,166–13,411 bp · −
atpI · PV116304.1 · 14,444–15,187 bp · −
rps2 · PV116304.1 · 15,412–16,122 bp · −
rpoC2 · PV116304.1 · 16,353–20,552 bp · −
rpoC1 · PV116304.1 · 20,706–23,517 bp · −
rpoB · PV116304.1 · 23,544–26,756 bp · −
psbM · PV116304.1 · 29,157–29,261 bp · −
trnD-GUC · PV116304.1 · 29,786–29,859 bp · −
trnY-GUA · PV116304.1 · 29,977–30,060 bp · −
trnE-UUC · PV116304.1 · 30,140–30,212 bp · −
trnS-UGA · PV116304.1 · 34,884–34,976 bp · −
trnfM-CAU · PV116304.1 · 36,019–36,092 bp · −
rps14 · PV116304.1 · 36,237–36,539 bp · −
psaB · PV116304.1 · 36,665–38,869 bp · −
psaA · PV116304.1 · 38,895–41,147 bp · −
ycf3 · PV116304.1 · 41,934–43,875 bp · −
rps4 · PV116304.1 · 45,094–45,699 bp · −
trnT-UGU · PV116304.1 · 46,070–46,142 bp · −
ndhJ · PV116304.1 · 48,398–48,874 bp · −
ndhC · PV116304.1 · 49,714–50,076 bp · −
trnV-UAC · PV116304.1 · 51,044–51,688 bp · −
atpE · PV116304.1 · 52,152–52,553 bp · −
atpB · PV116304.1 · 52,550–53,983 bp · −
psbJ · PV116304.1 · 63,360–63,482 bp · −
psbL · PV116304.1 · 63,612–63,833 bp · −
psbF · PV116304.1 · 63,752–63,871 bp · −
psbE · PV116304.1 · 63,886–64,137 bp · −
trnW-CCA · PV116304.1 · 65,503–65,576 bp · −
trnP-UGG · PV116304.1 · 65,750–65,823 bp · −
rpl20 · PV116304.1 · 67,588–67,974 bp · −
rps12 · PV116304.1 · 68,783–68,896 bp · −
rps12 · PV116304.1 · 96,169–96,962 bp · −
clpP · PV116304.1 · 69,019–70,943 bp · −
psbN · PV116304.1 · 73,300–73,431 bp · −
rpoA · PV116304.1 · 76,822–77,829 bp · −
rps11 · PV116304.1 · 77,900–78,316 bp · −
rpl36 · PV116304.1 · 78,426–78,539 bp · −
infA · PV116304.1 · 78,635–78,868 bp · −
rps8 · PV116304.1 · 78,993–79,397 bp · −
rpl14 · PV116304.1 · 79,573–79,941 bp · −
rpl16 · PV116304.1 · 80,080–81,359 bp · −
rps3 · PV116304.1 · 81,510–82,172 bp · −
rpl22 · PV116304.1 · 82,157–82,624 bp · −
rps19 · PV116304.1 · 82,694–82,843 bp · −
rpl2 · PV116304.1 · 83,032–84,523 bp · −
rpl23 · PV116304.1 · 84,542–84,823 bp · −
trnI-CAU · PV116304.1 · 84,989–85,062 bp · −
trnL-CAA · PV116304.1 · 92,534–92,614 bp · −
ndhB · PV116304.1 · 93,175–95,328 bp · −
rps7 · PV116304.1 · 95,648–96,115 bp · −
trnN-GUU · PV116304.1 · 107,058–107,129 bp · −
ndhF · PV116304.1 · 108,483–110,714 bp · −
ndhD · PV116304.1 · 113,497–115,026 bp · −
psaC · PV116304.1 · 115,127–115,372 bp · −
ndhE · PV116304.1 · 115,613–115,915 bp · −
ndhG · PV116304.1 · 116,133–116,663 bp · −
ndhI · PV116304.1 · 117,050–117,556 bp · −
ndhA · PV116304.1 · 117,632–119,717 bp · −
ndhH · PV116304.1 · 119,719–120,954 bp · −
rps15 · PV116304.1 · 121,000–121,272 bp · −
ycf1 · PV116304.1 · 121,689–127,310 bp · −
trnR-ACG · PV116304.1 · 128,125–128,198 bp · −
rrn5 · PV116304.1 · 128,442–128,562 bp · −
rrn4.5 · PV116304.1 · 128,823–128,925 bp · −
rrn23 · PV116304.1 · 129,026–131,834 bp · −
trnA-UGC · PV116304.1 · 131,999–132,876 bp · −
trnI-GAU · PV116304.1 · 132,947–133,966 bp · −
rrn16 · PV116304.1 · 134,265–135,755 bp · −
trnV-GAC · PV116304.1 · 135,988–136,059 bp · −
ycf15 · PV116304.1 · 142,380–142,577 bp · −
ycf2 · PV116304.1 · 142,719–149,507 bp · −
psbK · PV116304.1 · 7,306–7,497 bp · +
psbI · PV116304.1 · 7,887–7,997 bp · +
trnG-UCC · PV116304.1 · 8,911–9,662 bp · +
trnR-UCU · PV116304.1 · 9,843–9,914 bp · +
trnC-GCA · PV116304.1 · 27,878–27,948 bp · +
petN · PV116304.1 · 28,109–28,198 bp · +
trnT-GGU · PV116304.1 · 30,764–30,835 bp · +
psbD · PV116304.1 · 32,208–33,269 bp · +
psbC · PV116304.1 · 33,217–34,638 bp · +
psbZ · PV116304.1 · 35,315–35,503 bp · +
trnG-GCC · PV116304.1 · 35,773–35,843 bp · +
trnS-GGA · PV116304.1 · 44,720–44,806 bp · +
trnL-UAA · PV116304.1 · 46,816–47,392 bp · +
trnF-GAA · PV116304.1 · 47,685–47,757 bp · +
trnM-CAU · PV116304.1 · 51,869–51,941 bp · +
rbcL · PV116304.1 · 54,802–56,256 bp · +
accD · PV116304.1 · 57,010–58,491 bp · +
psaI · PV116304.1 · 58,964–59,074 bp · +
ycf4 · PV116304.1 · 59,525–60,079 bp · +
cemA · PV116304.1 · 60,459–61,148 bp · +
petA · PV116304.1 · 61,373–62,335 bp · +
petL · PV116304.1 · 65,010–65,105 bp · +
petG · PV116304.1 · 65,275–65,388 bp · +
psaJ · PV116304.1 · 66,075–66,233 bp · +
rpl33 · PV116304.1 · 66,697–66,900 bp · +
rps18 · PV116304.1 · 67,051–67,356 bp · +
rps12 · PV116304.1 · 137,696–138,489 bp · +
psbB · PV116304.1 · 71,409–72,935 bp · +
psbT · PV116304.1 · 73,130–73,231 bp · +
psbH · PV116304.1 · 73,537–73,758 bp · +
petB · PV116304.1 · 73,892–75,263 bp · +
petD · PV116304.1 · 75,451–76,639 bp · +
ycf2 · PV116304.1 · 85,151–91,939 bp · +
ycf15 · PV116304.1 · 92,081–92,278 bp · +
trnV-GAC · PV116304.1 · 98,599–98,676 bp · +
rrn16 · PV116304.1 · 98,903–100,393 bp · +
trnI-GAU · PV116304.1 · 100,692–101,711 bp · +
trnA-UGC · PV116304.1 · 101,782–102,659 bp · +
rrn23 · PV116304.1 · 102,824–105,632 bp · +
rrn4.5 · PV116304.1 · 105,733–105,835 bp · +
rrn5 · PV116304.1 · 106,096–106,216 bp · +
trnR-ACG · PV116304.1 · 106,460–106,533 bp · +
rpl32 · PV116304.1 · 111,141–111,311 bp · +
trnL-UAG · PV116304.1 · 112,089–112,168 bp · +
ccsA · PV116304.1 · 112,271–113,248 bp · +
trnN-GUU · PV116304.1 · 127,529–127,600 bp · +
rps7 · PV116304.1 · 138,543–139,010 bp · +
ndhB · PV116304.1 · 139,330–141,483 bp · +
trnL-CAA · PV116304.1 · 142,044–142,124 bp · +
trnI-CAU · PV116304.1 · 149,596–149,669 bp · +
rpl23 · PV116304.1 · 149,835–150,116 bp · +
rpl2 · PV116304.1 · 150,135–151,626 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Ziziphora clinopodioides
ANNOTATED PLASTOME
PV116304.1
151,728 bp · 131 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37932 75864 113796 151728 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN trnT-GGU psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GCU atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
132 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 12 85 74 Locate
psbA gene − 400 1458 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1686 4275 2590 Locate
matK gene − 2010 3539 1530 Locate
rps16 gene − 4811 5958 1148 Locate
trnQ-UUG gene − 6854 6925 72 Locate
psbK gene + 7306 7497 192 Locate
psbI gene + 7887 7997 111 Locate
trnS-GCU gene − 8124 8211 88 Locate
trnG-UCC gene + 8911 9662 752 Locate
trnR-UCU gene + 9843 9914 72 Locate
atpA gene − 10023 11546 1524 Locate
atpF gene − 11639 12893 1255 Locate
atpH gene − 13166 13411 246 Locate
atpI gene − 14444 15187 744 Locate
rps2 gene − 15412 16122 711 Locate
rpoC2 gene − 16353 20552 4200 Locate
rpoC1 gene − 20706 23517 2812 Locate
rpoB gene − 23544 26756 3213 Locate
trnC-GCA gene + 27878 27948 71 Locate
petN gene + 28109 28198 90 Locate
psbM gene − 29157 29261 105 Locate
trnD-GUC gene − 29786 29859 74 Locate
trnY-GUA gene − 29977 30060 84 Locate
trnE-UUC gene − 30140 30212 73 Locate
trnT-GGU gene + 30764 30835 72 Locate
psbD gene + 32208 33269 1062 Locate
psbC gene + 33217 34638 1422 Locate
trnS-UGA gene − 34884 34976 93 Locate
psbZ gene + 35315 35503 189 Locate
trnG-GCC gene + 35773 35843 71 Locate
trnfM-CAU gene − 36019 36092 74 Locate
rps14 gene − 36237 36539 303 Locate
psaB gene − 36665 38869 2205 Locate
psaA gene − 38895 41147 2253 Locate
ycf3 gene − 41934 43875 1942 Locate
trnS-GGA gene + 44720 44806 87 Locate
rps4 gene − 45094 45699 606 Locate
trnT-UGU gene − 46070 46142 73 Locate
trnL-UAA gene + 46816 47392 577 Locate
trnF-GAA gene + 47685 47757 73 Locate
ndhJ gene − 48398 48874 477 Locate
ndhC gene − 49714 50076 363 Locate
trnV-UAC gene − 51044 51688 645 Locate
trnM-CAU gene + 51869 51941 73 Locate
atpE gene − 52152 52553 402 Locate
atpB gene − 52550 53983 1434 Locate
rbcL gene + 54802 56256 1455 Locate
accD gene + 57010 58491 1482 Locate
psaI gene + 58964 59074 111 Locate
ycf4 gene + 59525 60079 555 Locate
cemA gene + 60459 61148 690 Locate
petA gene + 61373 62335 963 Locate
psbJ gene − 63360 63482 123 Locate
psbL gene − 63612 63833 222 Locate
psbF gene − 63752 63871 120 Locate
psbE gene − 63886 64137 252 Locate
petL gene + 65010 65105 96 Locate
petG gene + 65275 65388 114 Locate
trnW-CCA gene − 65503 65576 74 Locate
trnP-UGG gene − 65750 65823 74 Locate
psaJ gene + 66075 66233 159 Locate
rpl33 gene + 66697 66900 204 Locate
rps18 gene + 67051 67356 306 Locate
rpl20 gene − 67588 67974 387 Locate
rps12 gene − 68783 68896 114 Locate
clpP gene − 69019 70943 1925 Locate
psbB gene + 71409 72935 1527 Locate
psbT gene + 73130 73231 102 Locate
psbN gene − 73300 73431 132 Locate
psbH gene + 73537 73758 222 Locate
petB gene + 73892 75263 1372 Locate
petD gene + 75451 76639 1189 Locate
rpoA gene − 76822 77829 1008 Locate
rps11 gene − 77900 78316 417 Locate
rpl36 gene − 78426 78539 114 Locate
infA gene − 78635 78868 234 Locate
rps8 gene − 78993 79397 405 Locate
rpl14 gene − 79573 79941 369 Locate
rpl16 gene − 80080 81359 1280 Locate
rps3 gene − 81510 82172 663 Locate
rpl22 gene − 82157 82624 468 Locate
rps19 gene − 82694 82843 150 Locate
rpl2 gene − 83032 84523 1492 Locate
rpl23 gene − 84542 84823 282 Locate
trnI-CAU gene − 84989 85062 74 Locate
ycf2 gene + 85151 91939 6789 Locate
ycf15 gene + 92081 92278 198 Locate
trnL-CAA gene − 92534 92614 81 Locate
ndhB gene − 93175 95328 2154 Locate
rps7 gene − 95648 96115 468 Locate
rps12 gene − 96169 96962 794 Locate
trnV-GAC gene + 98599 98676 78 Locate
rrn16 gene + 98903 100393 1491 Locate
trnI-GAU gene + 100692 101711 1020 Locate
trnA-UGC gene + 101782 102659 878 Locate
rrn23 gene + 102824 105632 2809 Locate
rrn4.5 gene + 105733 105835 103 Locate
rrn5 gene + 106096 106216 121 Locate
trnR-ACG gene + 106460 106533 74 Locate
trnN-GUU gene − 107058 107129 72 Locate
ndhF gene − 108483 110714 2232 Locate
rpl32 gene + 111141 111311 171 Locate
trnL-UAG gene + 112089 112168 80 Locate
ccsA gene + 112271 113248 978 Locate
ndhD gene − 113497 115026 1530 Locate
psaC gene − 115127 115372 246 Locate
ndhE gene − 115613 115915 303 Locate
ndhG gene − 116133 116663 531 Locate
ndhI gene − 117050 117556 507 Locate
ndhA gene − 117632 119717 2086 Locate
ndhH gene − 119719 120954 1236 Locate
rps15 gene − 121000 121272 273 Locate
ycf1 gene − 121689 127310 5622 Locate
trnN-GUU gene + 127529 127600 72 Locate
trnR-ACG gene − 128125 128198 74 Locate
rrn5 gene − 128442 128562 121 Locate
rrn4.5 gene − 128823 128925 103 Locate
rrn23 gene − 129026 131834 2809 Locate
trnA-UGC gene − 131999 132876 878 Locate
trnI-GAU gene − 132947 133966 1020 Locate
rrn16 gene − 134265 135755 1491 Locate
trnV-GAC gene − 135988 136059 72 Locate
rps12 gene + 137696 138489 794 Locate
rps7 gene + 138543 139010 468 Locate
ndhB gene + 139330 141483 2154 Locate
trnL-CAA gene + 142044 142124 81 Locate
ycf15 gene − 142380 142577 198 Locate
ycf2 gene − 142719 149507 6789 Locate
trnI-CAU gene + 149596 149669 74 Locate
rpl23 gene + 149835 150116 282 Locate
rpl2 gene + 150135 151626 1492 Locate
Status Available
Accession PV116304.1
Length 151,728 bp
GC content 37.8%
Annotated genes 131
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 14 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 11 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources