Lagochilus hirtus chloroplast
Biopython GenomeDiagram 1.79; GenBank local location segments.
IR
IR
trnH-GUG · PQ180379.1 · 2–75 bp · −
psbA · PQ180379.1 · 316–1,374 bp · −
trnK-UUU · PQ180379.1 · 1,607–4,194 bp · −
matK · PQ180379.1 · 1,908–3,443 bp · −
rps16 · PQ180379.1 · 4,915–6,053 bp · −
trnQ-UUG · PQ180379.1 · 7,080–7,151 bp · −
trnS-GGA · PQ180379.1 · 8,289–8,376 bp · −
atpA · PQ180379.1 · 10,121–11,644 bp · −
atpF · PQ180379.1 · 11,733–12,948 bp · −
atpH · PQ180379.1 · 13,309–13,554 bp · −
atpI · PQ180379.1 · 14,511–15,254 bp · −
rps2 · PQ180379.1 · 15,485–16,195 bp · −
rpoC2 · PQ180379.1 · 16,528–20,598 bp · −
rpoC1 · PQ180379.1 · 20,753–23,579 bp · −
rpoB · PQ180379.1 · 23,606–26,818 bp · −
psbM · PQ180379.1 · 29,702–29,806 bp · −
trnD-GUC · PQ180379.1 · 30,343–30,416 bp · −
trnY-GUA · PQ180379.1 · 30,530–30,613 bp · −
trnE-UUC · PQ180379.1 · 30,673–30,745 bp · −
trnT-CGU · PQ180379.1 · 31,342–31,413 bp · −
trnS-UGA · PQ180379.1 · 35,331–35,423 bp · −
trnfM-CAU · PQ180379.1 · 36,389–36,462 bp · −
rps14 · PQ180379.1 · 36,612–36,914 bp · −
psaB · PQ180379.1 · 37,043–39,247 bp · −
psaA · PQ180379.1 · 39,273–41,525 bp · −
ycf3 · PQ180379.1 · 42,105–44,044 bp · −
rps4 · PQ180379.1 · 44,730–45,335 bp · −
trnT-UGU · PQ180379.1 · 45,731–45,803 bp · −
ndhJ · PQ180379.1 · 48,091–48,585 bp · −
ndhK · PQ180379.1 · 48,668–49,345 bp · −
ndhC · PQ180379.1 · 49,398–49,760 bp · −
trnV-UAC · PQ180379.1 · 50,717–51,369 bp · −
atpE · PQ180379.1 · 51,848–52,249 bp · −
atpB · PQ180379.1 · 52,246–53,742 bp · −
psbJ · PQ180379.1 · 62,943–63,065 bp · −
psbL · PQ180379.1 · 63,203–63,319 bp · −
psbF · PQ180379.1 · 63,343–63,462 bp · −
psbE · PQ180379.1 · 63,477–63,728 bp · −
trnW-CCA · PQ180379.1 · 65,188–65,261 bp · −
trnP-UGG · PQ180379.1 · 65,429–65,502 bp · −
rpl20 · PQ180379.1 · 67,258–67,644 bp · −
rps12 · PQ180379.1 · 68,405–68,518 bp · −
rps12 · PQ180379.1 · 95,740–96,533 bp · −
clpP · PQ180379.1 · 68,644–70,506 bp · −
psbN · PQ180379.1 · 72,823–72,954 bp · −
rpoA · PQ180379.1 · 76,380–77,393 bp · −
rps11 · PQ180379.1 · 77,465–77,896 bp · −
rpl36 · PQ180379.1 · 77,984–78,097 bp · −
infA · PQ180379.1 · 78,193–78,426 bp · −
rps8 · PQ180379.1 · 78,549–78,962 bp · −
rpl14 · PQ180379.1 · 79,130–79,498 bp · −
rpl16 · PQ180379.1 · 79,625–80,917 bp · −
rps3 · PQ180379.1 · 81,064–81,726 bp · −
rpl22 · PQ180379.1 · 81,711–82,184 bp · −
rps19 · PQ180379.1 · 82,244–82,522 bp · −
rpl2 · PQ180379.1 · 82,574–84,065 bp · −
rpl23 · PQ180379.1 · 84,084–84,365 bp · −
trnI-CAU · PQ180379.1 · 84,531–84,604 bp · −
trnL-CAA · PQ180379.1 · 92,108–92,188 bp · −
ndhB · PQ180379.1 · 92,733–94,944 bp · −
rps7 · PQ180379.1 · 95,219–95,686 bp · −
trnN-GUU · PQ180379.1 · 106,631–106,702 bp · −
ndhF · PQ180379.1 · 108,092–110,314 bp · −
ndhD · PQ180379.1 · 113,027–114,553 bp · −
psaC · PQ180379.1 · 114,654–114,899 bp · −
ndhE · PQ180379.1 · 115,159–115,464 bp · −
ndhG · PQ180379.1 · 115,680–116,210 bp · −
ndhI · PQ180379.1 · 116,564–117,070 bp · −
ndhA · PQ180379.1 · 117,157–119,311 bp · −
ndhH · PQ180379.1 · 119,313–120,494 bp · −
rps15 · PQ180379.1 · 120,595–120,867 bp · −
ycf1 · PQ180379.1 · 121,293–126,821 bp · −
trnR-ACG · PQ180379.1 · 127,791–127,869 bp · −
rrn5 · PQ180379.1 · 128,099–128,219 bp · −
rrn4.5 · PQ180379.1 · 128,475–128,577 bp · −
rrn23 · PQ180379.1 · 128,676–131,486 bp · −
trnA-UGC · PQ180379.1 · 131,678–132,556 bp · −
trnI-GAU · PQ180379.1 · 132,621–133,636 bp · −
rrn16 · PQ180379.1 · 133,926–135,416 bp · −
trnV-GAC · PQ180379.1 · 135,644–135,715 bp · −
ycf15 · PQ180379.1 · 142,002–142,250 bp · −
ycf2 · PQ180379.1 · 142,290–149,156 bp · −
psbK · PQ180379.1 · 7,488–7,673 bp · +
psbI · PQ180379.1 · 8,055–8,165 bp · +
trnG-UCC · PQ180379.1 · 9,021–9,781 bp · +
trnR-UCU · PQ180379.1 · 9,950–10,024 bp · +
trnC-GCA · PQ180379.1 · 27,925–28,000 bp · +
petN · PQ180379.1 · 28,834–28,923 bp · +
psbD · PQ180379.1 · 32,669–33,730 bp · +
psbC · PQ180379.1 · 33,678–35,099 bp · +
psbZ · PQ180379.1 · 35,750–35,938 bp · +
trnG-GCC · PQ180379.1 · 36,170–36,240 bp · +
trnS-GGA · PQ180379.1 · 44,360–44,446 bp · +
trnL-UAA · PQ180379.1 · 46,484–47,063 bp · +
trnF-GAA · PQ180379.1 · 47,355–47,427 bp · +
trnM-CAU · PQ180379.1 · 51,558–51,630 bp · +
rbcL · PQ180379.1 · 54,534–56,000 bp · +
accD · PQ180379.1 · 56,707–58,173 bp · +
psaI · PQ180379.1 · 58,385–58,495 bp · +
ycf4 · PQ180379.1 · 58,926–59,480 bp · +
cemA · PQ180379.1 · 60,041–60,730 bp · +
petA · PQ180379.1 · 60,947–61,909 bp · +
petL · PQ180379.1 · 64,671–64,766 bp · +
petG · PQ180379.1 · 64,941–65,054 bp · +
psaJ · PQ180379.1 · 65,777–65,911 bp · +
rpl33 · PQ180379.1 · 66,384–66,584 bp · +
rps18 · PQ180379.1 · 66,741–67,046 bp · +
rps12 · PQ180379.1 · 137,316–138,109 bp · +
psbB · PQ180379.1 · 70,937–72,463 bp · +
psbT · PQ180379.1 · 72,655–72,762 bp · +
psbH · PQ180379.1 · 73,058–73,279 bp · +
petB · PQ180379.1 · 73,400–74,783 bp · +
petD · PQ180379.1 · 74,978–76,211 bp · +
ycf2 · PQ180379.1 · 84,693–91,559 bp · +
ycf15 · PQ180379.1 · 91,599–91,847 bp · +
trnV-GAC · PQ180379.1 · 98,134–98,205 bp · +
rrn16 · PQ180379.1 · 98,433–99,923 bp · +
trnI-GAU · PQ180379.1 · 100,213–101,228 bp · +
trnA-UGC · PQ180379.1 · 101,293–102,171 bp · +
rrn23 · PQ180379.1 · 102,363–105,173 bp · +
rrn4.5 · PQ180379.1 · 105,272–105,374 bp · +
rrn5 · PQ180379.1 · 105,630–105,750 bp · +
trnR-ACG · PQ180379.1 · 105,980–106,058 bp · +
rpl32 · PQ180379.1 · 110,818–110,994 bp · +
trnL-UAG · PQ180379.1 · 111,715–111,794 bp · +
ccsA · PQ180379.1 · 111,885–112,856 bp · +
trnN-GUU · PQ180379.1 · 127,147–127,218 bp · +
rps7 · PQ180379.1 · 138,163–138,630 bp · +
ndhB · PQ180379.1 · 138,905–141,116 bp · +
trnL-CAA · PQ180379.1 · 141,661–141,741 bp · +
trnI-CAU · PQ180379.1 · 149,245–149,318 bp · +
rpl23 · PQ180379.1 · 149,484–149,765 bp · +
rpl2 · PQ180379.1 · 149,784–151,275 bp · +
0 kb
13 kb
26 kb
39 kb
52 kb
65 kb
78 kb
91 kb
104 kb
117 kb
130 kb
143 kb
Lagochilus hirtus
ANNOTATED PLASTOME
PQ180379.1
151,368 bp · 132 genes
Gene function
Transfer RNA
Photosystem II
Other
Ribosomal protein
ATP synthase
RNA polymerase
Cytochrome
Photosystem I
NADH dehydrogenase
Ribosomal RNA
0 37842 75684 113526 151368 bp
Forward strand 5′ → 3′
psbK psbI trnG-UCC trnR-UCU trnC-GCA petN psbD psbC psbZ trnG-GCC trnS-GGA trnL-UAA trnF-GAA trnM-CAU rbcL accD psaI ycf4 cemA petA petL petG psaJ rpl33 rps18 psbB psbT psbH petB petD ycf2 ycf15 trnV-GAC rrn16 trnI-GAU trnA-UGC rrn23 rrn4.5 rrn5 trnR-ACG rpl32 trnL-UAG ccsA trnN-GUU rps12 rps7 ndhB trnL-CAA trnI-CAU rpl23 rpl2
trnH-GUG psbA trnK-UUU matK rps16 trnQ-UUG trnS-GGA atpA atpF atpH atpI rps2 rpoC2 rpoC1 rpoB psbM trnD-GUC trnY-GUA trnE-UUC trnT-CGU trnS-UGA trnfM-CAU rps14 psaB psaA ycf3 rps4 trnT-UGU ndhJ ndhK ndhC trnV-UAC atpE atpB psbJ psbL psbF psbE trnW-CCA trnP-UGG rpl20 rps12 clpP psbN rpoA rps11 rpl36 infA rps8 rpl14 rpl16 rps3 rpl22 rps19 rpl2 rpl23 trnI-CAU trnL-CAA ndhB rps7 rps12 trnN-GUU ndhF ndhD psaC ndhE ndhG ndhI ndhA ndhH rps15 ycf1 trnR-ACG rrn5 rrn4.5 rrn23 trnA-UGC trnI-GAU rrn16 trnV-GAC ycf15 ycf2
Reverse strand 3′ ← 5′
Outer ring: forward strand; inner ring: reverse strand. The innermost ring shows overall GC percentage. GenBank gene locations may include introns; discontinuous parts are drawn separately. Hover for coordinates; click a segment to open its gene page. Biopython GenomeDiagram .
Gene-position browser Map and table selections are linked. Each row is one local segment; coordinates are 1-based and inclusive.
133 local segments
Gene Type Group Strand Start End Length
trnH-GUG gene − 2 75 74 Locate
psbA gene − 316 1374 1059 Locate
trnK-UUU gene − 1607 4194 2588 Locate
matK gene − 1908 3443 1536 Locate
rps16 gene − 4915 6053 1139 Locate
trnQ-UUG gene − 7080 7151 72 Locate
psbK gene + 7488 7673 186 Locate
psbI gene + 8055 8165 111 Locate
trnS-GGA gene − 8289 8376 88 Locate
trnG-UCC gene + 9021 9781 761 Locate
trnR-UCU gene + 9950 10024 75 Locate
atpA gene − 10121 11644 1524 Locate
atpF gene − 11733 12948 1216 Locate
atpH gene − 13309 13554 246 Locate
atpI gene − 14511 15254 744 Locate
rps2 gene − 15485 16195 711 Locate
rpoC2 gene − 16528 20598 4071 Locate
rpoC1 gene − 20753 23579 2827 Locate
rpoB gene − 23606 26818 3213 Locate
trnC-GCA gene + 27925 28000 76 Locate
petN gene + 28834 28923 90 Locate
psbM gene − 29702 29806 105 Locate
trnD-GUC gene − 30343 30416 74 Locate
trnY-GUA gene − 30530 30613 84 Locate
trnE-UUC gene − 30673 30745 73 Locate
trnT-CGU gene − 31342 31413 72 Locate
psbD gene + 32669 33730 1062 Locate
psbC gene + 33678 35099 1422 Locate
trnS-UGA gene − 35331 35423 93 Locate
psbZ gene + 35750 35938 189 Locate
trnG-GCC gene + 36170 36240 71 Locate
trnfM-CAU gene − 36389 36462 74 Locate
rps14 gene − 36612 36914 303 Locate
psaB gene − 37043 39247 2205 Locate
psaA gene − 39273 41525 2253 Locate
ycf3 gene − 42105 44044 1940 Locate
trnS-GGA gene + 44360 44446 87 Locate
rps4 gene − 44730 45335 606 Locate
trnT-UGU gene − 45731 45803 73 Locate
trnL-UAA gene + 46484 47063 580 Locate
trnF-GAA gene + 47355 47427 73 Locate
ndhJ gene − 48091 48585 495 Locate
ndhK gene − 48668 49345 678 Locate
ndhC gene − 49398 49760 363 Locate
trnV-UAC gene − 50717 51369 653 Locate
trnM-CAU gene + 51558 51630 73 Locate
atpE gene − 51848 52249 402 Locate
atpB gene − 52246 53742 1497 Locate
rbcL gene + 54534 56000 1467 Locate
accD gene + 56707 58173 1467 Locate
psaI gene + 58385 58495 111 Locate
ycf4 gene + 58926 59480 555 Locate
cemA gene + 60041 60730 690 Locate
petA gene + 60947 61909 963 Locate
psbJ gene − 62943 63065 123 Locate
psbL gene − 63203 63319 117 Locate
psbF gene − 63343 63462 120 Locate
psbE gene − 63477 63728 252 Locate
petL gene + 64671 64766 96 Locate
petG gene + 64941 65054 114 Locate
trnW-CCA gene − 65188 65261 74 Locate
trnP-UGG gene − 65429 65502 74 Locate
psaJ gene + 65777 65911 135 Locate
rpl33 gene + 66384 66584 201 Locate
rps18 gene + 66741 67046 306 Locate
rpl20 gene − 67258 67644 387 Locate
rps12 gene − 68405 68518 114 Locate
clpP gene − 68644 70506 1863 Locate
psbB gene + 70937 72463 1527 Locate
psbT gene + 72655 72762 108 Locate
psbN gene − 72823 72954 132 Locate
psbH gene + 73058 73279 222 Locate
petB gene + 73400 74783 1384 Locate
petD gene + 74978 76211 1234 Locate
rpoA gene − 76380 77393 1014 Locate
rps11 gene − 77465 77896 432 Locate
rpl36 gene − 77984 78097 114 Locate
infA gene − 78193 78426 234 Locate
rps8 gene − 78549 78962 414 Locate
rpl14 gene − 79130 79498 369 Locate
rpl16 gene − 79625 80917 1293 Locate
rps3 gene − 81064 81726 663 Locate
rpl22 gene − 81711 82184 474 Locate
rps19 gene − 82244 82522 279 Locate
rpl2 gene − 82574 84065 1492 Locate
rpl23 gene − 84084 84365 282 Locate
trnI-CAU gene − 84531 84604 74 Locate
ycf2 gene + 84693 91559 6867 Locate
ycf15 gene + 91599 91847 249 Locate
trnL-CAA gene − 92108 92188 81 Locate
ndhB gene − 92733 94944 2212 Locate
rps7 gene − 95219 95686 468 Locate
rps12 gene − 95740 96533 794 Locate
trnV-GAC gene + 98134 98205 72 Locate
rrn16 gene + 98433 99923 1491 Locate
trnI-GAU gene + 100213 101228 1016 Locate
trnA-UGC gene + 101293 102171 879 Locate
rrn23 gene + 102363 105173 2811 Locate
rrn4.5 gene + 105272 105374 103 Locate
rrn5 gene + 105630 105750 121 Locate
trnR-ACG gene + 105980 106058 79 Locate
trnN-GUU gene − 106631 106702 72 Locate
ndhF gene − 108092 110314 2223 Locate
rpl32 gene + 110818 110994 177 Locate
trnL-UAG gene + 111715 111794 80 Locate
ccsA gene + 111885 112856 972 Locate
ndhD gene − 113027 114553 1527 Locate
psaC gene − 114654 114899 246 Locate
ndhE gene − 115159 115464 306 Locate
ndhG gene − 115680 116210 531 Locate
ndhI gene − 116564 117070 507 Locate
ndhA gene − 117157 119311 2155 Locate
ndhH gene − 119313 120494 1182 Locate
rps15 gene − 120595 120867 273 Locate
ycf1 gene − 121293 126821 5529 Locate
trnN-GUU gene + 127147 127218 72 Locate
trnR-ACG gene − 127791 127869 79 Locate
rrn5 gene − 128099 128219 121 Locate
rrn4.5 gene − 128475 128577 103 Locate
rrn23 gene − 128676 131486 2811 Locate
trnA-UGC gene − 131678 132556 879 Locate
trnI-GAU gene − 132621 133636 1016 Locate
rrn16 gene − 133926 135416 1491 Locate
trnV-GAC gene − 135644 135715 72 Locate
rps12 gene + 137316 138109 794 Locate
rps7 gene + 138163 138630 468 Locate
ndhB gene + 138905 141116 2212 Locate
trnL-CAA gene + 141661 141741 81 Locate
ycf15 gene − 142002 142250 249 Locate
ycf2 gene − 142290 149156 6867 Locate
trnI-CAU gene + 149245 149318 74 Locate
rpl23 gene + 149484 149765 282 Locate
rpl2 gene + 149784 151275 1492 Locate
Status Available
Accession PQ180379.1
Length 151,368 bp
GC content 38.6%
Annotated genes 132
Gene sequence records 8
Translation Rna 37 Photosystem Ii 15 Other 14 Ribosomal Protein 26 Atp Synthase 6 Rna Polymerase 4 Cytochrome 6 Photosystem I 5 Nad Dehydrogenase 12 Ribosomal Rna 8
SSR 0
Direct 0
Inverted 2
Palindromic 0
Sources and evidence boundary Accessions, release scope and coordinate evidence remain visible beside the visualization.
Full species sources